Chế độ kế toán sẽ đạt hiệu quả cao nếu nó được thực tiễn chấp nhân. Điều này chỉ đạt được khi đảm bảo tính hài hoà và đồng bộ với các quy định khác, với công tác tổ chức và các phương tiện thực hiện…Nguyên tắc linh hoạt đòi hỏi cá quy định, thể chế, chế độ về kế toán phải có tính động với sự mềm dẻo nhất định để phù hợp với sự phát triển các nghiệp vụ kinh tế à những thay đổi khác trong quá trình phát triển của nền kinh tế nói chung và nông nghiệp nói riêng. Đặc biệt, khi phạm vi hoạt động của HTX nông nghiệp phát triển mở rộng thì việc thảy đổi điều chỉnh bổ sung chế độ kế toán hiện hành là việc làm cần thiết, sẵn sàng cho việc hội nhập kinh tế.. Mặt khác, trong khi các chế độ kế toán đặc thù khác có sự thay thế bổ sung, phù hợp hơn với thực tiễn hoạt động của các đơn vị mà Chế độ kế toán HTX vẫn giữ nguyên như 10 năm về trước là điều không thể đáp ứng được nhu cầu của hội nhập, phát triển của đơn vị kinh doanh, vì nó không dảm bảo tính tổng thể, phù hợp logic giữa lý thuyết và thực hành.
Để khắc phục tình trạng này, cần có sự quan tâm, hỗ trợ từ phía các đơn vị, cơ quan chức năng có thẩm quyền, các nhà nghiên cứu, các chuyên gia trong lĩnh vực nông nghiệp về tính logic và khoa học. Nghĩa là cần phải có chế độ kế toán mới dành cho HTX nông nghiệp hoặc có những quy định cụ thể, phù hợp hơn những phải đảm bảo, đáp ứng nhu cầu hội nhập và phát triển kinh tế của đất nước và mô hình HTX nông nghiệp; thực hiện đồng bộ với các quy định kinh tế khác và phải tính đến xu thế phát triển lâu dài, hoàn thiện hệ thống chứng từ, tài khoản phù hợp về nội dung, cách kiểm tra, ghi chép, bổ sung các chứng từ và tài khoản cần thiết như bảng kê thu mua hàng, biên bản kiểm nghiệm vật tư, bảng tính và phân bổ khấu hao tài sản cố định…; bổ sung tài khoản 121 - Đầu tư tài chính ngắn hạn, tài khoản 133- Thuế giá trị gia tăng được khấu trừ…, tách nội dung tài khoản 131, tài khoản 152, tài khoản 155…
Hệ thống sổ kế toán cũng cần được hoàn thiện. Cần quy định một danh mục sổ phù hợp, nêu rõ các mẫu sổ áp dụng trong từng trường hợp và bổ sung một số mẫu sổ đặc thù với hoạt động của đơn vị như Sổ theo dõi dịch vụ tín dụng nội bộ trong HTX nông nghiệp, Sổ theo dõi thanh toán đối với hộ xã viên…
Hoàn thiện về báo cáo tài chính đảm bảo tính minh bạch, rõ ràng thể hiện đầy đủ về nguồn vốn kinh doanh quỹ HTX, công nợ, kết quả kiểm tra tài sản cuối năm và được công bố trước đại hội xã viên, bổ sung bảng thuyết minh báo cáo tài chính…