Một trong những điều rất quan trọng trong quản trị kênh phân phối là phải nhận diện được tiềm tàng những xung đột có thể xảy ra trong kênh để có biện pháp chủ động xử lý khi nó xảy ra. Tiềm tàng gây xung đột do nhiều nguyên nhân khác
nhau, có những nguyên nhân dễ khắc phục nhưng cũng có những nguyên nhân rất khó giải quyết.
Mâu thuẫn nhất định của kênh có thể có tính xây dựng, dẫn đến sự thích ứng năng động hơn với môi trường thay đổi. Đồng thời cũng có rất nhiều mâu thuẫn gây lộn xộn. Vấn đề không chỉ loại bỏ mâu thuẫn đó, mà còn là quản lý và điều chỉnh được mâu thuẫn này sao cho có thể giúp được Công ty phát triển.
Có lẽ, giải pháp quan trọng nhất là chấp nhận những mục tiêu của đối tượng. Các thành viên của kênh bằng cách nào đó đi đến một thỏa thuận về mục tiêu cơ bản mà họ cùng theo đuổi, có thể là đảm bảo sống sót, thị phần chất lượng cao hay thỏa mãn khách hàng. Việc liên kết chặt chẽ với nhau có thể loại trừ được sự đe dọa.
Một công cụ để giải quyết mâu thuẫn hữu ích là trao đổi người giữa hai hay nhiều cấp của kênh.
Có thể làm được nhiều chuyện bằng cách khuyến khích sự liên kết trong và giữa các hiệp hội mậu dịch. Nhờ vậy các hiệp hội có thể xem xét những vấn đề giữa những người sản xuất và những người bán lẻ buộc họ phải chấp hành có trật tự nghị quyết chung.
Khi mâu thuẫn đã mang tính chất kinh niên hay hết sức nghiêm trọng, thì các bên có thể sử dụng các biện pháp ngoại giao, trung gian hòa giải hay trọng tài phân xử.
Vì luôn có khả năng xảy ra mâu thuẫn trong tất cả các cách tổ chức kênh. Nên các thành viên thỏa thuận với nhau trước về các phương pháp giải quyết mâu thuẫn của kênh. Việc này làm cho việc xử lý mâu thuẫn trở nên đơn giản hơn rất nhiều và tránh ảnh hưởng đến hệ thống phân phối của tổ chức.