Nhìn chung, đối với mỗi ngân hàng thì nợ xấu có tác động trực tiếp tới hoạt động của chính bản thân nó và từ đó tác gây ảnh hưởng tới toàn bộ hệ thống ngân hàng. Những ảnh hưởng này sẽ dẫn tới làm nguy hại cho nền kinh tế.
Trước hết, những khoản nợ này làm chậm quá trình tuần hoàn và chu
chuyển vốn của các tổ chức tín dụng, giảm vòng quay của vốn, từ đó làm giảm hiệu quả sử dụng vốn, giảm lợi nhuận của ngân hàng.
Thứ hai, chi phí phát sinh nợ xấu là rất lớn (bao gồm chi trả lãi tiền gửi,
chi phí quản lý nợ xấu và các chi phí khách liên quan). Chi phí tăng cao ngoài dự kiến và những chi phí này làm giảm đáng kể, thậm chí gây lỗ cho các ngân hàng khi hạch toán kết quả kinh doanh. Ngân hàng mất vốn phải khoanh nợ, giãn nợ, thậm chí là xoá nợ, ngoài một phần mà ngân sách cấp bù thì phần chủ yếu là do các ngân hàng phải trích lập quỹ phòng ngừa rủi ro. Điều này sẽ làm giảm thu nhập của ngân hàng.
Ngoài ra, khi tỉ lệ nợ quá hạn quá cao, vượt qua giới hạn an toàn theo thông lệ quốc tế, không thực hiện đúng cam kết mở L/C, uy tín của hệ thống NHTM trong nước và quốc tế sẽ giảm sút, ảnh hưởng đến tình hình hoạt động của ngân hàng.
Đồng thời, nợ xấu còn hạn chế khả năng mở rộng và tăng trưởng tín dụng, khả năng kinh doanh của các tổ chức tín dụng. Mặt khác, nợ xấu tác động trực tiếp đến khả năng tài chính của tổ chức tín dụng khi phân tích, đánh giá tình hình tài chính hoạt động của ngân hàng, là yếu tố bất lợi cho khả năng cạnh tranh và quá trình hội nhập, phát triển của ngân hàng.