* Công tác quy hoạch còn nhiều bất cập, không theo kịp và đáp ứng nhu cầu phát triển.
Hiện tượng quy hoạch treo, quy hoạch theo vẫn còn xảy ra ở nhiều nơi, nhiều địa phương; quy hoạch thiếu căn cứ, cơ sở khoa học và thực tiễn; quy hoạch chi tiết ở các địa phương thường tiến hành trước các quy hoạch phát triển tổng thể, quy hoạch vùng. Khi quy hoạch đã được xây dựng thì phát triển khai thác, NTTS còn nhỏ lẻ, tự phát và không theo quy hoạch. Bên cạnh đó, công tác giám sát, đánh giá tình hình thực hiện quy hoạch ở nhiều nơi không được thực hiện, hoặc có thực hiện cũng chiếu lệ không đủ cơ sở để điều chỉnh, bổ sung cho phù hợp với thực tế sản xuất.
* Đầu tư thấp, dàn trải và không đồng bộ
- Vốn đầu tư cho xây dựng hạ tầng những năm qua còn nhiều hạn chế, được cấp nhỏ giọt, dàn trải và thường chậm so với yêu cầu đầu tư. Đến hết năm 2007, nhà nước mới chỉ cân đối được ngân sách với lượng vốn rất ít (chỉ hơn 22% so với yêu cầu) để
đầu tư cho sản xuất và tái sản xuất. Các cơ quan quản lý nguồn vốn còn thụ động trong việc bố trí cơ cấu vốn đầu tư làm cho hiệu quả đầu tư giảm.
- Thủy lợi cho NTTS là vấn đề bức xúc đã được đặt ra, song đầu tư cho lĩnh vực này còn rất khiêm tốn, nhất là hệ thống cấp, thoát nước riêng biệt cho các vùng nuôi tập trung. Hệ thống xử lý nước thải và chất thải rắn cho các vùng nuôi tập trung chưa được xây dựng và thực hiện theo quy định.
- Việc lựa chọn chủ đầu tư các dự án chưa thống nhất, chưa chú ý đến tính liên tục của dự án đầu tư từ khâu xây dựng đến khâu quản lý vận hành sau đầu tư. Do đó khi kết thúc đầu tư, việc đưa các dự án vào sử dụng thường chậm, hạn chế hiệu quả..
* Khoa học-công nghệ chưa được quan tâm đúng mức nghiên cứu khoa học chưa thực sự gắn liền với thực tiễn sản xuất
Mặc dù đã có những đóng góp đáng kể trong việc thúc đẩy phát triển ngành thủy sản, tuy nhiên KHCN vẫn còn nhiều hạn chế thể hiện ở một số điểm sau:
- Công nghệ bảo quản sau thu hoạch được nghiên cứu, song việc áp dụng còn nhiều hạn chế; nghề khai thác còn mang nặng tính thủ công, lạc hậu về công nghệ và quy mô nhỏ, làm cho chất lượng sản phẩm thấp, khó quản lý và hiệu quả không cao.
- Chưa đủ khả năng tạo lập được bộ giống mới đáp ứng nhu cầu chất lượng và thị hiếu thị trường, đặc biệt là giống phục vụ nuôi biển và thủy sinh vật cảnh chưa nhiều .
- Tình trạng dịch bệnh thủy sản phát sinh và phát tán nhanh, nhưng chưa có giải pháp khắc kịp thời và phòng trị triệt để.
- Khả năng áp dụng công nghệ nuôi tiên tiến chỉ được thực hiện ở các dự án lớn, các doanh nghiệp có khả năng về tài chính. Các công trình nghiên cứu thường được tiến hành đơn lẻ, thiếu tính hệ thống nhằm đáp ứng nhanh yêu cầu của sản xuất là chính; có quy trình công nghệ nhưng chưa thể làm chủ công nghệ.
- Trong khai thác thủy sản tỷ lệ hao hụt vẫn cao; tình trạng sử dụng công nghệ thiếu thân thiện với mối trường nguồn lợi thủy sản vẫn còn khá phổ biến, đặc biệt chất nổ, xung điện, chất có độc tố và các loại lưới có kích thước mắt lưới quá nhỏ.
* Công tác khuyến ngư chưa chưa đáp ứng được nhu cầu sản xuất, hạn chế về năng lực, kinh nghiệm, nhất là ở tuyến cơ sở
- Phương pháp hoạt động khuyến ngư mang nặng tính hành chính, phân phối, phân phát, chưa dựa vào nhu cầu phát triển đối với các lĩnh vực sản xuất của ngành, như phát triển các dịch vụ hậu cần, khai thác hải sản xa bờ, xây dựng các hệ thống và mạng lưới thông tin liên lạc …và nhu cầu của nông, ngư dân trên các vùng, miền khác nhau.
- Công tác khuyến ngư vẫn còn là một điểm yếu trong chuỗi thông tin đến người nông dân. Thiếu nhân lực phục vụ công tác khuyến ngư ở các cấp là một khó khăn đã kéo dài trong nhiều năm. Hoạt động truyền thông còn nhiều hạn chế, chưa làm được cầu nối, thực hiện công tác tuyên truyền chủ trương, chính sách của Đảng và nhà nước; các thông tin khoa học, công nghệ, thị trường, mô hình tiến tiến trong sản xuất , kinh doanh, mô hình hợp tác xã, mô hình nông thôn mới.
* Hệ thống tổ chức quản lý ngành còn chưa đồng bộ; cơ chế chính sách hiện hành chưa phát huy được hiệu lực, chưa đi vào cuộc sống của cộng đồng ngư dân
- Hệ thống tổ chức bộ máy chưa ngành thủy sản chưa ổn định, chưa thể hiện tính thống nhất trong tổ chức bộ máy ngành thủy sản của các tỉnh, nên công tác thông tin thống kê nghề cá chưa đáp ứng được nhu cầu quản lý sản xuất
- Thiếu đội ngũ cán bộ chuyên sâu, đặc biệt cán bộ về khai thác thủy sản, bảo vệ nguồn lợi và môi trường sống của các loài thủy sinh vật . Đội ngũ cán bộ làm công tác quản lý thủy sản còn thiếu về số lượng, hạn chế về năng lực, đặc biệt ở các cấp huyện, xã.
- Chưa thực sự có sự phối hợp giữa quản lý theo ngành và quản lý theo lãnh thổ, giữa Trung ương và địa phương và giữa các Bộ, ngành ở Trung ương và địa phương.
- Hệ thống văn bản quản lý chưa đồng bộ và nhiều văn bản đã lạc hậu chưa được rà soát chỉnh sửa cho phù hợp.
- Hệ thống thanh tra thủy sản chuyên ngành hoạt động chưa hiệu quả; lực lượng làm công tác kiểm dịch của các địa phương còn mỏng, thiếu trang thiết bị, vẫn còn tình trạng thiếu tính thống nhất trong hệ thống kiểm dịch động vật thủy sản ở các địa phương; nhiều lô hàng nhập không có giấy chứng nhận kiểm dịch hoặc chứng nhận có tính chất đối phó.