Hiện nay, cả nước vẫn cần tiếp tục CPH hơn 900 DN nữa mà hầu hết là các DN lớn. Theo đề án được duyệt cho giai đoạn 2003-2005, số lượng DNNN cần đổi mới là 2.620 DN. Và đến cuối năm 2006, phấn đấu đưa tổng số DN hoạt động theo mô hình CPH trên cả nước lên 3.500 DN. Như vậy, có thể nhận thấy rằng tốc độ CPH của nước ta còn khá chậm. Nhiều vướng mắc, khó khăn đã phát sinh trong quá trình CPH có thể nhìn nhận qua các nội dung sau:
- Một số thành viên trong DNNN không muốn thực hiện CPH do sợ bị mất quyền lợi. Trên thực tế, một số nhà lãnh đạo của các DNNN không có năng lực thực sư, nhưng vì một số lý do “tế nhị” nào đó nên vẫn được giữ lại để quản lý DN, nếu thực hiện CPH họ sợ sẽ bị loại ra ngoài (vì khi chuyển sang CTCP mọi hoạt động đều phải được Đại hội cổ đông thông qua nên chỉ có những nhà lãnh đạo thực sự có khả năng mới được các cổ đông tín nhiệm đề cử).
- Việc huy động vốn thông qua bán cổ phần là động lực chính để công ty phát triển, nhưng nhiều DN không bán hết số cổ phần cần thiết. Việc quy định người lãnh đạo, người quản lý DN cũng phải mua cổ phần theo giá đấu hoặc cổ phần ưu đãi bằng 60% mức giá bình quân của các nhà đầu tư khác đó là điều chưa thật sự hấp dẫn khiến cho các đối tượng này thiếu hăng hái trong việc tiến hành CPH DN.
- Việc CPH còn mang tính chất vận động để các DN tự nguyện tham gia mà chưa mang tính chất bắt buộc, chính vì vậy không thúc đẩy các DN tham gia. - Việc tổ chức thực hiện còn tản mạn, chưa đồng bộ. Trong giai đoạn này nhiều địa phương chậm trễ trong việc thành lập Ban chỉ đạo để tổ chức hướng dẫn, chọn xí nghiệp, xây dựng phương án trình chính phủ đăng ký thí điểm CPH. - Trước đây, phương pháp CPH có nhiều bất hợp lý nhất là trong khâu định giá DNNN. Cụ thể như, thị trường phải là nơi quyết định mức giá khi DN được xác định giá trị để bán ra thị trường. Nhưng hiện nay, giá trị DN CPH lại do các cơ quan quản lý chức năng định theo một kiểu giá cố định. Vì vậy, đã xảy ra không ít trường hợp có những DN hiệu quả kinh doanh hạn chế, tài sản không có nhiều nhưng lại được định giá quá cao, dẫn đến việc bán cổ phần hết sức khó khăn, thậm chí chẳng có nhà đầu tư nào bỏ tiền ra để mua lấy một giá trị không tương xứng. Ngược lại, có đơn vị giá trị DN được xác định quá thấp so với thị trường. Trên thực tế, phương thức đấu giá giá trị DN có thể giải quyết được tình trạng trên đã được đưa vào áp dụng nhưng vẫn còn không ít trường hợp công bố thông tin thiếu minh bạch và làm giá theo ý chủ quan của DN phát hành hoặc một số tổ chức khác.
- Thời gian qua cho thấy, việc xác định giá trị lợi thế của DN CPH rất khó khăn và phức tạp mà một số phương pháp hiện tại không thể vận dụng được (như xác định giá trị nhãn mác, thương hiệu…), vì thế, đã có nhiều DN không tính được giá trị lợi thế vào giá trị DN.
- Thiếu nhà đầu tư chiến lược (cổ đông chiến lược) là những cổ đông bên ngoài DN, có tỷ lệ cổ phần đủ lớn để tham gia quyết sách, tạo chuyển biến lớn cho công ty. Nguyên nhân chủ yếu là do bán cổ phần khép kín trong nội bộ, hoặc không chú trọng đến vai trò cổ đông chiến lược khi CPH.
- Ngoài ra, sự bất hợp lý trong chính sách bán cổ phần của nhiều DN còn thể hiện ở chỗ: Không ít DN dành một tỷ lệ cổ phần quá lớn để bán cho người lao động trong đơn vị, nhưng người lao động lại không đủ tiền để mua. Kết quả là việc bán cổ phần kéo dài, hoặc người lao động phải đi vay tiền để mua và áp lực trả nợ cả gốc và lãi đối với họ hết sức nặng nề. Ở đây đã thấy bóng dáng của các biện pháp hành chính như việc thúc đẩy bán cổ phần cho người lao động để đẩy nhanh CPH. Đã đến lúc các DN CPH cần nhận ra rằng, việc hạn chế bán cổ phần của đơn vị mình cho cổ đông bên ngoài, nhất là những đơn vị làm ăn thua lỗ, sẽ không thể thay đổi được phương thức quản lý để vực dậy DN.