Bên cạnh những mặt đã đạt được, trong công tác xử lý nợ tồn đọng, NHNT còn có một số tồn tại, hạn chế sau:
Thứ nhất, việc xử lý nợ còn mang tính bao cấp như khoanh nợ, xóa nợ, thủ tục rườm rà, phức tạp liên quan đến nhiều cơ quan chức năng nên tốc độ xử lý chậm, chưa đạt hiệu quả cao.
Thứ hai, mặc dù theo nghị định 178, các TCTD được quyền chủ động xử lý TSBĐ trong trường hợp đã quá thời gian thỏa thuận mà tài sản vẫn chưa được xử lý nhưng thực tế NHNT không toàn quyền chủ động quyết định trong xử lý thu nợ. Việc bán tài sản phải thông qua các cơ quan chức năng có liên quan, chẳng hạn như muốn phát mãi tài sản của DNNN phải có sự đồng ý của Cục quản lý vốn, Bộ chủ quản, còn nếu là đất đai phải xin ý kiến của UBND chính quyền địa phương…
Thứ ba, việc định giá TSBĐ để xác định giá khởi điểm, đưa tài sản ra bán đấu giá còn quá cao, chưa sát với giá thị trường. Thường AMC/NHNT sau nhiều lần đăng báo nếu không có khách hàng đăng ký mua thì Ngân hàng sẽ giảm giá đến khi bán được tài sản chứ không có trường hợp giữ lại tài sản, chờ thị trường bất động sản tăng giá để bán hoặc chọn thời điểm bán thích hợp để bán được giá; do đó, việc phát mãi TSBĐ để thu hồi nợ mang tính chất “xử lý” nhiều hơn kinh doanh.
Thứ tư, công tác xử lý nợ của AMC/NHNT chỉ xoáy mạnh vào việc xử lý TSBĐ, chưa mở rộng các hình thức xử lý thu nợ khác như góp vốn, đầu tư sửa chữa, liên doanh liên kết hay mua bán các khoản nợ cho Công ty mua bán nợ do nhiều yếu tố khách quan và chủ quan nên hiệu quả chưa cao. Bên cạnh đó, tổ chức nhân sự chưa thật sự tương xứng với công việc được giao, còn thiếu, yếu và không ổn định. Công tác quản trị rủi ro tín dụng, cơ chế để ngăn chặn nợ xấu gia tăng trong HĐKD NH chưa hoàn thiện…