Mặc dù quan hệ thương mại Việt Nam - EU đang phát triển nhanh và có triển vọng to lớn, nhưng thực trạng thương mại hiện nay gặp nhiều khó khăn, trở ngại và chưa tương xứng với tiềm năng kinh tế của hai bên. Trị giá thương mại
Việt Nam - EU mới chiếm 0,12% tổng kim ngạch ngoại thương của EU và chiếm 13,48% tổng kim ngạch ngoại thương của Việt Nam. Nhìn chung, hàng xuất khẩu của Việt Nam vào EU còn nghèo nàn về chủng loại, chất lượng chưa cao, mẫu mã đơn sơ, còn tập trung vào một số mặt hàng như dệt may, giày dép, cà phê... So với các nước đang phát triển và mới phát triển ở châu á, hàng hóa Việt Nam xuất khẩu vào EU có lợi thế do đang được hưởng GSP, song khả năng cạnh tranh lại kém so với các nước Châu Phi, Thái Bình Dương và Caribê, cũng như một số nước Đông Âu, do các nước này được hưởng các ưu đãi thương mại riêng theo Công ước Lomé hoặc theo các hiệp định liên kết.
Về phía chủ quan, nhìn chung các doanh nghiệp Việt Nam còn thiếu kinh nghiệm thương trường, kiến thức hiểu biết về luật lệ, văn hóa kinh doanh của thị trường EU còn hạn hẹp, việc tiếp thị nắm thông tin về kinh tế thị trường EU còn nhiều hạn chế. Các doanh nghiệp của ta vẫn làm ăn theo phong cách tùy tiện, manh mún, chưa phù hợp với truyền thống và tập quán kinh doanh châu Âu, ngay cả việc khai thác các lợi thế như: chế độ thuế GSP mà EU dành cho Việt Nam cũng chưa biết tận dụng một cách hiệu quả. Nhìn chung các doanh nghiệp của ta còn có ý thủ thế, chưa mạnh dạn khai thác các thế mạnh để tìm thế chủ động, thể hiện tính tiến công trong việc chinh phục, chiếm lĩnh thị trường EU. Mặt khác, Nhà nước cũng chưa có chính sách hỗ trợ một cách tích cực, hiệu quả trong việc giúp doanh nghiệp về thông tin kinh tế, xúc tiến thương mại, tìm kiếm thị trường, tiến hành cải cách hành chính cần thiết để giảm chi phí kinh doanh cho các doanh nghiệp, nghiên cứu giảm thuế các mặt hàng là nguyên liệu đầu vào để doanh nghiệp hạ giá thành sản xuất, đồng thời với việc hỗ trợ xuất khẩu, chính sách khuyến khích xuất khẩu... Bên cạnh đó, mặc dù Việt Nam đã có chính sách hội nhập kinh tế quốc tế tầm chiến lược, song chính sách trong ngắn hạn thường xuyên thay đổi, nhiều khi không nhất quán nên chưa tạo cho bạn hàng EU một lòng tin ổn định, yên tâm quan hệ làm ăn lâu dài với các doanh nghiệp Việt Nam.
Nam sang EU vẫn có chiều hướng tốt do đây là khu vực kinh tế ổn định, ít biến động và EU vẫn đang dành cho Việt Nam chế độ ưu đãi thuế quan GSP (chỉ có hàng dệt may là quản lý bằng hạn ngạch). Tuy nhiên, căn cứ vào khả năng của Việt Nam thì tốc độ tăng xuất khẩu vào thị trường này vẫn chưa tương xứng (khoảng 15%/năm) và nhập khẩu từ EU cũng chỉ đạt mức 10%/năm. Do vậy trong thời gian tới, để có thể mở rộng khả năng xâm nhập thị trường EU, tranh thủ công nghệ nguồn vật tư, nguyên liệu, thiết bị, máy móc phục vụ cho sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước, chúng ta cần phải tiến hành đồng bộ nhiều biện pháp ở tầm vĩ mô và vi mô. Đặc biệt cần nghiên cứu đề xuất chính sách thị trường thích hợp cho khu vực EU, nhằm mở rộng đẩy mạnh xuất khẩu của Việt Nam với EU, chủ động tiếp cận, thâm nhập thị trường, kết hợp giữa việc thu hút đầu tư của EU vào Việt Nam với việc phát triển quan hệ thương mại giữa Việt Nam và EU nhằm nâng cao khả năng năng cạnh tranh của nguồn hàng xuất khẩu và của các doanh nghiệp thuộc các thành phần kinh tế hoạt động thương mại trên thị trường này.
Đối với các doanh nghiệp, Nhà nước cần hỗ trợ đẩy mạnh xúc tiến thương mại, cung cấp thông tin thị trường, giới thiệu luật lệ kinh doanh của EU và của từng nước trong khối, đồng thời thực hiện nhiều biện pháp hỗ trợ, khuyến khích các doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh, xuất nhập khẩu với thị trường EU (hỗ trợ giá, quỹ khuyến khích xuất khẩu, thưởng xuất khẩu...) nhằm tạo điều kiện cho doanh nghiệp Việt Nam có điều kiện xâm nhập đứng vững và phát triển tại thị trường này.