Hiện nay, cơ cấu tổ chức và cơ chế quản lý hệ thống Cảng Hàng không sân bay của chúng ta vẫn còn nhiều bất cập, sự bất ổn trong việc tách nhập đã ảnh hưởng rất lớn đến cơ chế quản lý, vì vậy yêu cầu hiện nay là kiện toàn tổ chức và
đổi mới cơ chế quản lý của hệ thống Cảng hàng không sân bay cho phù hợp với pháp luật và thực tiễn nền kinh tế hiện nay nhằm tạo điều kiện cho toàn ngành cũng như các Cảng hàng không sân bay hoàn thành tốt chức năng sản xuất kinh doanh, tiếp cận mới mô hình tổ chức và cơ chế quản lý tiên tiến trên thế giới.
Khi xây dựng tổ chức và cơ chế quản lý cần phải đảm bảo được 3 chức năng: Quản lý hành chính nhà nước tại Cảng hàng không, quản lý khai thác vận chuyển hàng không và quản lý khai thác kinh doanh thương mại (phi hàng không) trên cơ
sở luật hàng không, khả năng thực tế của Cảng hàng không sân bay.
Để thực hiện tốt việc này, theo chúng tôi thì cần phân định về mặt tổ chức giữa sản xuất kinh doanh với quản lý Nhà nước theo hướng tự chủ về tài chính cho các cơ
quan quản lý, khai thác Cảng hàng không sân bay theo mô hình như các Cảng hàng không Changi của Singapore, Hồng Kông và các nước Tây Âu khác. Khi đó các Cảng hàng không sân bay vẫn là doanh nghiệp Nhà nước hoạt động công ích kinh doanh khai thác, cung ứng các dịch vụ hàng không và phi hàng không, gắn với yêu
cầu đổi mới tổ chức quản lý với yêu cầu đảm bảo tính hiệu quả, đồng bộ và đảm bảo ổn định, an ninh và an toàn.
Để nâng cao chất lượng dịch vụ tại Cảng Hàng không, ngoài những dịch vụ
mà Cảng Hàng không tự tổ chức khai thác, các dịch vụ nhượng quyền khai thác phải lựa chọn những nhà cung ứng có uy tín, có kinh nghiệm, đảm bảo cung ứng dịch vụ có chất lượng cao. Đồng thời, vấn đề nhượng quyền khai thác cũng phải có thời gian dài để các nhà đầu tư an tâm bỏ vốn đầu tư nhằm từng bước nâng cao chất lượng dịch vụ cung ứng của các đơn vịđược nhượng quyền khai thác và các dịch vụ được cung ứng với mức giá cạnh tranh phù hợp với cơ chế hoạt động của nền kinh tế thị trường.
Cảng hàng không sân bay sẽ nằm trong Tổng công ty kinh doanh khai thác Cảng hàng không sân bay khu vực, trực thuộc Cục Hàng không Việt Nam và độc lập với Tổng công ty Hàng không Việt Nam. Điều này sẽ giúp Cảng hàng không, sân bay chủ động hơn về tài chính tự hạch toán, tăng cường khả năng cạnh tranh, giảm bao cấp của Nhà nước, bảo đảm thu để trả nợ và có điều kiện để tích luỹ tiếp tục đầu tư phát triển.