2. Đặc điểm phân loại của chủng HR5.1
2.2.4 Xác định trình tự gen 16S rRNA của chủng HR5.1
Dòng vi khuẩn mang DNA plasmid có gen mong muốn đã được tách DNA plasmid và làm sạch sản phẩm. Sau đó, DNA plasmid được xác định trình tự
nucleotide theo phương pháp của Sanger. Sau khi xử lý số liệu trình tự chủng HR5.1 như sau:
Kết quả đọc trình tự cho thấy, đoạn gen có kích thước 1503kb là đúng với tính toán lý thuyết. So sánh trình tự đoạn gen 16S rRNA của chủng HR5.1 với các trình tự gen của các vi sinh vật nhân sơ đã được công bố trên ngân hàng gen thế giới và phân tích bằng phần mềm Clustal, đồng thời sử dụng chương trình Blast, độ tương đồng giữa chủng HR5.1 với một số chủng vi sinh vật khác được xác định (bảng 3.2).
Bảng 3.2. Mức độ tương đồng đoạn gen mã hóa 16S rRNA của chủng HR5.1 với một số chủng vi khuẩn khác
Tên vi sinh vật Mức độ tương đồng
Pseudomonas putida strain ZB-16A 98%
Pseudomonas putida strain ppnb1 98%
Pseudomonas putida isolate PD39 98%
Pseudomonas putida strain YJF3-34 98%
Dựa trên trình tự đoạn gen 16S rRNA của chủng HR5.1 và trình tự nucleotide tương ứng của các chủng VSV thuộc nhóm prokaryate, cây phát sinh chủng loại đã được xây dựng (hình 3.10).
Hình 3.10 Cây phát sinh chủng loại của vi khuẩn Pseudomonas sp. HR5.1 Từ vị trí của chủng HR5.1 trên cây phát sinh chủng loại cho thấy chủng này gần gũi với các chủng vi khuẩn thuộc chi Pseudomonas. Trình tự gen 16S RNA của chủng HR5.1 có mức tương đồng 98% với các vi khuẩn
Pseudomonas putida sp.ZB-16A, Pseudomonas putida isolate PD39,
Pseudomonas putida strain ppnb1, Pseudomonas putida strain YJF3-34,
Pseudomonas sp. PHD-8. Kết hợp với một số đặc điểm hình thái và trình tự đoạn gen 16S rRNA của chủng vi khuẩn HR5.1, chủng vi khuẩn này có thể được xếp vào chi Pseudomonas , và được đặt tên là Pseudomonas sp. HR5.1.
Một số nghiên cứu gần đây cũng cho thấy một số loài vi khuẩn thuộc chi
Pseudomonas có khả năng phân hủy 2,4,5-T và các hợp chất thơm chứa clo. La Thị Thanh Phương và cộng sự đã phân lập được chủng Pseudomonas sp. BDN15, từ nguồn đất ô nhiễm chất diệt cỏ/dioxin. Chủng BDN15 có khả năng phát triển trên môi trường có bổ sung 2,4,5-T [6]. Chủng Pseudomonas pseudoalcaligenes strain NRRL B-18087 được Dipak Roy phân lập đã phân hủy 2,4,5-T, 2,4D và 2,4,5-T 2,4D là nguồn cung cấp carbon cho chủng này [23]. Chủng vi khuẩn HR5.1 cũng thuộc chi Pseudomonas vậy liệu chủng này có khả năng phân hủy 2,4,5-T hay không các nghiên cứu tiếp theo đã được tiến hành.