2. Đặc điểm phân loại của chủng HR5.1
2.2.3Tách dòng gen 16S rRNA trong vector pBT
Sản phẩm PCR đã được tiến hành gắn sản phẩm vào vector pBT nhờ T4 DNA ligase và biến nạp vào tế bào khả biến E. coli. Sau khi nuôi qua đêm ở 37oC, trên đĩa biến nạp xuất hiện các khuẩn lạc xanh và trắng xen kẽ nhau (hình 3.7).
Hình 3.7 Đĩa biến nạp sản phẩm ligation của chủng HR 5.1.
Để kiểm tra nhanh tế bào vi khuẩn có mang gen mong muốn hay không, phương pháp colony-PCR đã được sử dụng. Một số khuẩn lạc trắng được sử dụng làm khuôn cho phản ứng colony-PCR với chu trình nhiệt và thành phần phản ứng như ở phần phương pháp. Kết quả phản ứng colony-PCR được thể trình hình 3.8.
Hình 3.8 Phổ điện di sản phẩm colony-PCR Giếng M Thang DNA chuẩn 1Kb
Quan sát trên hình 3.8 ta thấy sản phẩm PCR của ba khuẩn lạc được chọn để PCR kiểm tra là một đoạn DNA có kích khoảng 1500bp phù hợp với kích thước của sản phẩm PCR đoạn gen 16S rRNA. Điều này chứng tỏ cả ba khuẩn lạc được chọn đều có DNA plasmid mang đoạn gen 16S rRNA. Một dòng DNA plasmid đã được chọn để tách DNA plasmid bằng Kit Plasmid DNA purification. Sau khi tách DNA plasmid, enzyme BamHI được sử dụng để cắt dòng DNA plasmid này. Kết quả điện di sản phẩm cắt cho thấy có một đoạn DNA có kích thước khoảng 1500bp đã được cắt (hình 3.9). Kích thước đoạn DNA này phù hợp với kích thước đoạn gen cần nghiên cứu.
Hình 3.9 Điện di đồ sản phẩm cắt DNA plasmid bằng enzyme
BamHI
Giếng M: Thang DNA chuẩn 1kb Giếng pBT-HR5.1: dòng Plasmid được chọn
Giếng pBT: dòng plasmid đối chứng