Bên cạnh những u điểm kể trên, Công ty VAE vẫn còn gặp phải không ít những khó khăn do trong quá trình hoạt động vẫn còn những hạn chế nhất định :
- Thứ nhất, về khách hàng kiểm toán hiện nay chủ yếu theo luật định mang tính chất bắt buộc. Các doanh nghiệp vẫn cha thấy đợc tầm quan trọng và sự cần thiết của hoạt động kiểm toán cũng nh cha quen với việc sử dụng dịch vụ này trong công tác quản lý nhằm nâng cao chất lợng và hiệu quả hoạt động SXKD của doanh nghiệp mình nên số khách hàng tự nguyện kiểm toán là cha đáng kể.
- Thứ hai, hiện nay ở Việt Nam có rất nhiều Công ty kiểm toán nên việc cạnh tranh giữa các công ty cũng gây ảnh hởng không nhỏ đến chất lợng hoạt động kiểm toán đồng thời làm cho việc phân chia thị phần là không hợp lý.
- Thứ ba, Nghị định 105/2004/NĐ-CP ban hành ngày 30/3/2004 về kiểm toán độc lập thay thế cho Nghị định 07/1994/NĐ-CP ngày 29/01/1994 quản lý chặt chẽ hơn đối với lĩnh vực kiểm toán độc lập. Theo điều 20 của Nghị định này quy định : “Doanh nghiệp kiểm toán độc lập thành lập và hoạt động theo quy định của pháp luật theo các hình thức công ty hợp danh, doanh nghiệp t nhân và doanh nghiệp theo luật đầu t nớc ngoài tại Việt Nam”. Khác với Nghị định 07 đó là chuyển đổi từ chế độ trách nhiệm hữu hạn sang chế độ trách nhiệm vô hạn. Điều này sẽ khiến cho các công ty kiểm toán
độc lập gặp nhiều rủi ro hơn trong hoạt động kinh doanh và cung cấp dịch vụ. Không những thế, để nâng cao chất lợng của hoạt động kiểm toán, Nghị định 105 buộc các doanh nghiệp kiểm toán phải bồi thờng thiệt hại do lỗi của mình gây ra cho khách hàng khi thực hiện dịch vụ kiểm toán và các dịch vụ khác . Trớc những quy định này nghiêm khắc này buộc VAE nói riêng và các công ty kiểm toán nói chung cần phải cẩn thận hơn và chặt chẽ hơn trớc khi phát hành BCKT.
Nghị định 105 tạo cơ hội cho các Công ty kiểm toán độc lập mở rộng thị trờng hoạt động tại Việt Nam. Song để đảm bảo tính độc lập khách quan giữa công ty kiểm toán với khách hàng cũng quy định KTV không đợc thực hiện kiểm toán khi đang thực hiện công việc ghi sổ kế toán, lập BCTC, thực hiện kiểm toán nội bộ hoặc cung cấp dịch vụ định giá tái sản, t vấn tài chính, t vấn quản lý cho đơn vị đợc kiểm toán. Theo những quy định này cho thấy vị trí của nghề kiểm toán đã không ngừng đợc nâng cao và coi trọng tại Việt Nam.
Tóm lại, Nghị định 105 đã mở rộng cơ hội cho kiểm toán độc lập Việt Nam phát triển. Cũng nh các công ty kiểm toán khác, VAE muốn tồn tại và phát triển cần không ngừng nâng cao chất lợng dịch vụ mà Công ty cung cấp, gây dựng lòng tin đối với khách hàng.