Nghiên cứu đầy đủ về hệ thống KSNB của khách hàng là một công việc bắt buộc, cần thiết và có ý nghĩa quan trọng trong cuộc kiểm toán. Nó giúp KTV đánh giá tính hiệu quả của hệ thống KSNB, từ đó xác định các thủ tục kiểm toán phù hợp nhằm thu được bằng chứng kiểm toán đầy đủ, thích hợp.
Nếu kết quả đánh giá hệ thống kiểm soát nội bộ hoạt động hiệu quả, rủi ro kiểm soát thấp thì KTV có thể thu hẹp phạm vi, khối lượng công việc kiểm toán chi tiết và tiết kiệm chi phí kiểm toán. Mặt khác đánh giá không đúng về thực tế hoạt động, độ tin cậy của hệ thống KSNB sẽ khiến KTV có thể bỏ sót những nội dung trọng yếu, làm tăng rủi ro kiểm toán.
Hiện nay CPA VIETNAM đã tiến hành đánh giá chất lượng của hệ thống KSNB của khách hàng thông qua việc thiết kế bảng câu hỏi về tính chính trực của ban giám đốc, việc thiết kế hệ thống kế toán…của khách hàng.
Tuy nhiên việc áp dụng các câu hỏi này vào mỗi cuộc kiểm toán còn mang tính máy móc, nhiều khi không phù hợp với từng loại hình khách hàng. Các câu hỏi này cũng chỉ mang tính chung chung, công ty chưa xây dựng hệ thống câu hỏi cho hệ thống KSNB của từng khoản mục được kiểm toán. Vì vậy khi kiểm toán khoản mục phải thu thì việc đánh giá chất lượng hệ thống KSNB là dựa vào kết quả thu được khi đánh giá chung chứ không có của riêng phần hành này. Điều đó có thể dẫn tới việc đánh giá rủi ro kiểm soát cho khoản mục phải thu không chính xác và phân bổ mức trọng yếu cho khoản mục này không phù hợp.
Ngoài ra khi đánh giá hệ thống KSNB của khách hàng, CPA VIETNAM mới chỉ dừng lại ở tìm hiểu các thủ tục kiểm soát của khách hàng mà chưa tiến hành các thủ tục kiểm toán để khẳng định chắc chắn các thủ tục kiểm soát là thực sự có hiệu lực.