Chi nhánh khu vực ĐBSCL được thành lập và chính thức đi vào hoạt động từ ngày 02/04/2001. Đến nay, qua chặng đường 8 năm hoạt động, Chi nhánh đã từng bước trưởng thành và khẳng định được vai trò cần thiết của mình đối với hệ thống NHTM và các QTDND cơ sở trên địa bàn. Những thành tựu đã đạt được trong công cuộc củng cố chấn chỉnh hệ thống QTDND cơ sở cũng như góp phần ổn định trong hoạt động ngân hàng trong khu vực, thực hiện các nghiệp vụ và đặc biệt là chi trả tiền gửi được bảo hiểm trong thời gian qua không thể không kể đến sự đóng góp quan trọng của Chi nhánh khu vực ĐBSCL, cụ thể những nghiệp vụ cụ thể như sau:
- Nghiệp vụ tuyên truyền quảng cáo: ngay từ khi ra đời chi nhánh đã thực hiện công tác tuyên truyền quảng bá về loại hình BHTG đến với các tổ chức tham gia BHTG và công chúng biết rằng hiện nay có một tổ chức tài chính thuộc Chính phủ đứng ra bảo vệ người gửi tiền. tính đến ngày 31/12/2003 Chi nhánh đã tổ chức thành công 10 Hội nghị về BHTG tại các tỉnh thành phố trên địa bàn quản lý, qua đó làm cho các tổ chức tham gia BHTG nhận biết được vai trò và chức năng nhiệm vụ của tổ chức BHTG.
Ngoài ra chi nhánh còn tổ chức nói chuyện chuyên đề qua hệ thống báo đài truyền hình địa phương nhằm giúp công chúng hiểu rõ về hoạt động của BHTG trong khu vực. Bên cạnh đó Chi nhánh cũng thường xuyên mời các chuyên gia kinh tế nói chuyện chuyên đề về loại hình bảo hiểm mới mẽ này, kết quả bước đầu đã đạt được những thành công nhất định trong công tác quảng bá hình ảnh của BHTG.
- Nghiệp vụ chi trả tiền gửi được bảo hiểm: Chi nhánh khu vực ĐBSCL có thể nói làm nổi bật nhất là việc chi trả tiền gửi được bảo hiểm tại khu vực này. Từ khi mới thành lập đến 31/12/2008, chi nhánh đã chi trả tiền gửi được bảo hiểm cho 7 QTDND cơ sở tại tỉnh Kiên Giang, với số tiền lên đến 8,7 tỷ đồng cho hơn 500 người gửi tiền, góp phần ngăn chận hiệu ứng rút tiền hàng loạt tại các tổ chức đang hoạt động lành mạnh.
- Nghiệp vụ kiểm tra tại chỗ: Đây là công tác quan trọng được BHTG Việt Nam chú trọng và đã xây dựng đề cương kiểm tra chung cho toàn hệ thống, qua công tác kiểm tra trong toàn khu vực, chi nhánh kiểm tra các QTDND cơ sở và các NHTMCP có hội sở chính đóng trên địa bàn.
Đối với hệ thống QTDND chi nhánh kiểm tra toàn diện hoạt động ngân hàng của các đơn vị này, còn các NHTMCP thì chủ yếu tập trung vào phần kiểm tra phần tính và nộp phí BHTG. Nhìn chung thời gian qua chính công tác kiểm tra tại chỗ của Chi nhánh đã góp phần ổn định hoạt động ngân hàng trong khu vực vốn là địa bàn có nhiều QTDND cơ sở bị mất khả năng thanh toán dẫn đến phá sản, điều này góp phần chấn chỉnh hoạt động của các TCTD kịp thời tránh trường hợp đổ vỡ dân chuyền. Thông qua công tác kiểm tra chi nhánh đã đề nghị những trường hợp vi phạm đã được các đơn vị ủng hộ và các tổ chức này nhận thấy rằng BHTG thực sự là một kênh giám sát giúp họ hoạt động tốt hơn trong việc phòng ngừa rủi ro. Tính đến nay chi nhánh đã thực hiện kiểm tra tại chổ 100% các tổ chức tham gia BHTG trên địa bàn phụ trách và kế hoạch cứ một đơn vị sẽ được kiểm tra trong một lần trong năm và đặc biệt là hai tỉnh mà chi nhánh mới tiếp nhận là Tiền Giang và Bến Tre.
- Nghiệp vụ giám sát từ xa: nghiệp vụ này cũng góp phần đánh giá chất lượng hoạt động của các TCTD thông qua bản báo cáo tình hình hoạt động của các đơn vị gửi cho Chi nhánh hàng tháng theo qui định, thông qua nghiệp vụ này chi nhánh đưa ra những cảnh báo sớm giúp cho các tổ chức tham gia BHTG chấn chỉnh hoạt động của mình để hoạt động ngày càng có hiệu quả, công tác
này đã nhận được sự đồng tình cao từ phía các TCTD. Qua công tác giám sát từ xa, các TCTD trên địa bàn chi nhánh quản lý như TP. Cần Thơ, An Giang, Sóc Trăng, Bạc Liêu, Cà Mau, Trà Vinh, Tiền Giang, Bến Tre là những đơn vị hoạt động tốt, trong khi đó địa bàn Kiên Giang và một số QTDND tại Đồng Tháp hoạt động yếu, gặp rất nhiều khó khăn nhất là khó khăn thanh khoản.
- Nghiệp vụ thu phí tiền gửi được bảo hiểm: chi nhánh đôn đốc các tổ chức tham gia BHTG nộp phí đúng và đủ nhằm góp phần ổn định quỹ tiền gửi để dự phòng cho hệ thống phục vụ cho công tác chi trả tiền gửi. Trính trung bình mỗi năm chi nhánh thu phí vào khoảng 2 tỷ đồng đến 2,5 tỷ đồng .
- Các nghiệp vụ hỗ trợ: Công tác tài chính kế toán, thời gian qua cũng đã góp phần hỗ trợ cho Chi nhánh nhất là trong công tác chi trả tiền gửi được bảo hiểm tại các TCTD bị giải thế bắt buộc, đã làm cho các nghiệp vụ của chi nhánh được vận hành tốt trong thời gian qua.