Khó khăn lớn nhất hiện nay là việc kết hợp thu tiền sử dụng đất, thu thuế quyền sử dụng đất và lệ phí trước bạ trong khi làm thủ tục cấp GCNQSDĐ. Người dân không đến làm nghĩa vụ tài chính khi được báo, phần lớn hồ sơ đăng ký đất đai ở đô thị phải chịu thuế trước bạ, chuyển quyền sử dụng đất, tiền sử dụng trong khi ở nông thôn nghành thuế không áp dụng sắc thuế này và đã làm giấy rồi không phải đóng tiền sử dụng đất. Để khắc phục tình trạng trên thông tư liên tịch 1442, ngày 21/9/1999 của tổng cục địa chính và bộ tài chính đã được ban hành để xử lý các nghĩa vụ tài chính (lệ phí trước bạ, tiền sử dụng đất, thuế quyền sử dụng đất...vv) khi cấp GCNQSDĐ. Trong đó, các hộ đang sử dụng đất trước 1/7/0999 sẽ được ghi nợ các nghĩa vụ tài chính về đất trên GCN (GCN này vẫn có giá trị như các GCN không ghi nợ). Tuy nhiên, liên nghành thuế -địa chính các tỉnh thành phố lại quy định: không được ghi nợ lệ phí trước bạ và chỉ có các hộ nghèo và các hộ có khó khăn đột xuất mới được xét ghi nợ tiền sử dụng đất, thuế chuyển quyền sử dụng đất.
5. UBND các cấp ký GCNQSDĐ chậm do bận việc quan trọng và lực lượng chuyên môn lại mỏng. Trước đây, tất cả hồ sơ xin cấp GCN đều phải nộp lên UBND tỉnh, Thành phố trực thuộc TW ký và cấp
GCN. Nhưng hiện nay luật đất đai năm 2003 đã quy định giao cho UBND cấp huyện ký giấy.
6. Nguyên nhân quan trọng nữa là người làm GCNQSDĐ phải có cái tâm trong sáng. Nhưng trên thực tế nhiều nơi cán bộ địa chính, cán bộ phường gây khó khăn, có hiện tượng nhũng nhiễu để ảnh hưởng đến lòng tin của nhân dân. Ở một số nơi còn mang nặng tư tưởng xin cho, xét cấp chưa xác định được mục đích cấp GCN là để phục vụ công tác quản lý Nhà nước và phục vụ nguyện vọng của nhân dân nên có những yêu cầu thủ tục phiền hà, phức tạp làm ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện. Bên cạch đó, trình độ chuyên môn nghiệp vụ của cán bộ địa chính còn yếu, không đồng đều, nhất là ở cấp xã, phường đã yếu lại còn thiếu, không đủ lực lượng để thực hiện, đội ngũ này lại hay thay đổi , ảnh hưởng đến quá trình giải quyết thủ tục do đó giải quyết hồ sơ còn chậm.
7. Một nguyên nhân cuối cùng nữa là sự phối hợp giữa các nghành liên quan với các cấp chính quyền thành phố đặc biệt là sự phối hợp giữa hai nghành địa chính và xây dựng chưa đồng bộ, chưa thống nhất trong lĩnh vực chỉ đạo triển khai và xử lý những trường hợp cụ thể đã làm ảnh hưởng đáng kể đến tiến độ cấp GCN trên địa bàn.
KẾT LUẬN
Tóm lại việc cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đang là vấn đề cấp bách hiện nay. Mặc dù Nhà nước đã bân hành nhiều quyết định để nhanh tién độ cấp giấy chứng nhận nhưng vệc này còn gặp nhiều khó khăn vướng mắc. Trong bối cảnh đó, luật đất đai 2003 đã ra đời giải quyết một phần những khó khăn vướng mắc hiện nay và nghị định số 181/NĐ- CP hướng dẫn thi hành Luật đất đai 2003 đã quy định rõ quyền hạn và nghĩa vụ của người sử dụng đất; trình tự thủ tục của việc cấp GCNQSDĐcho các đối tượng sử dụng đất được tách riêng cấp phường riêng, cấp xã, thị trấn riêng. diều này rất phù hợp với thực tế.
Để khắc phục tình trạng này, chúng ta phải đưa ra những giải pháp tháo gỡ những vướng mắc trong công tác cấp giấy chứng nhận hiện nay: