Có thể thấy là, trước khi có các hệ quản trị dữ liệu ra đời, các phần mềm ứng dụng thường tổ chức lưu trữ dữ liệu thành từng tập tin riêng biệt như tập tin bán hàng lưu trữ các nghiệp vụ bán hàng, tập tin phiếu thu lưu trữ các nghiệp vụ thu tiền… đã làm cho việc quản lý dữ liệu trở nên khó khăn do sự rời rạc của các tập tin. Hơn nữa là, với phương pháp lưu trữ dữ liệu như thế này còn làm cho việc ghi nhận thông tin và lưu trữ dữ liệu bị trùng lắp hoặc khi cập nhật phải thực hiện đồng bộ trên mọi tập tin vì nếu không sẽ dẫn đến không thống nhất về mặt dữ liệu. Kiểu lưu trữ này thường thấy ở phần mềm ứng dụng được xây dựng trên Foxpro trước đây. Ngoài ra, có thể kể thêm là chương trình điều khiển các thao tác trên phần mềm ứng dụng và dữ liệu lưu trữ được tổ chức trên cùng tập tin dẫn đến xảy ra rủi ro là khi có sự cố xảy ra có thể dẫn đến cả tập tin bao gồm chương trình điều khiển lẫn dữ liệu bị hư hỏng theo.
Kể từ khi hệ quản trị cơ sở dữ liệu ra đời đã hạn chế được những nhược điểm như vừa kể trên. Cơ sở dữ liệu của các phần mềm ứng dụng được xây
dựng trên một hệ quản trị cơ sở dữ liệu nào đó như Microsoft Access, Microsoft SQL Server, Oracle… đã giúp cho việc tổ chức quản trị dữ liệu được an toàn và thuận tiện hơn. Từ đây, các dữ liệu của các phần mềm ứng dụng đã được lưu trữ trong một hệ thống cơ sở dữ liệu chung. Những tập tin dữ liệu riêng biệt giờ đây đã được thay thế bằng tập tin dữ liệu liên kết trong một thể thống nhất thông qua phần mềm quản trị cơ sở dữ liệu.
Tuy nhiên cũng cần phải nói rõ hơn rằng, đối với một số phần mềm ứng dụng tổ chức lưu trữ dữ liệu trên nền Microsoft Access vẫn phải đối mặt với một số hạn chế và rủi ro. Chẳng hạn, việc điều khiển truy xuất thông tin qua hệ thống mạng nội bộ còn nhiều hạn chế như khi số người dùng thao tác trên dữ liệu nhiều sẽ gây chậm cho việc truy xuất dữ liệu, thậm chí khi một máy trạm bị treo hay khi bị sự cố mất điện đột ngột sẽ có thể làm cho tập tin dữ liệu của phần mềm ứng dụng bị hư hỏng không thể sửa chữa được.
Ngoài ra, để cho nhiều người có thể sử dụng chung dữ liệu thì tập tin dữ liệu tổ chức trên nền Microsoft Access phải cài đặt ở chế độ share (chia sẻ) do cơ sở dữ liệu được tập trung vào trong một tập tin vật lý và điều này dẫn đến tập tin dữ liệu bị nhiều người nhìn thấy, thậm chí đánh cắp dữ liệu hoặc xoá mất dữ liệu.
Trong khi đó, những năm gần đây và ngay cả hiện tại thì hệ quản trị cơ sở dữ liệu Microsoft SQL Server, Oracle… mà đặc biệt là Microsoft SQL Server được rất nhiều nhà sản xuất phần mềm ứng dụng trên thế giới cũng như ở Việt Nam tin dùng do có những ưu điểm vượt trội. Cụ thể là; tập tin dữ liệu vật lý không cần share (chia sẻ) nên không thể nhìn thấy và ngay cả nếu có thấy cũng không thể sao chép hay xoá tập tin dữ liệu; cơ sở dữ liệu được thiết kế bảo mật thông qua tên và mật khẩu truy cập, được thiết kế theo cơ chế đa cấp đa lớp cho phép không gây xung đột khi có nhiều người dùng cùng thao tác; có cơ chế sao lưu dữ liệu tự động theo lịch cài đặt; có khả năng tự phục hồi và
sửa chữa dữ liệu khi máy bị treo hay bị mất điện đột ngột; tập tin dữ liệu rất hiếm khi bị hỏng hóc…
Từ những điểm liên quan đến công nghệ lưu trữ dữ liệu cho thấy các doanh nghiệp khi sử dụng phần mềm ứng dụng vào trong hoạt động của mình cần chú ý đến những đặc điểm trên để lựa chọn cho mình một sản phẩm tốt để tăng cường khả năng kiểm soát và quản trị dữ liệu cho tổ chức của mình.