Vi sinh vật có những ảnh hưởng nhất định đến sự tạo thành các chất sa lắng trong thủy vực. Do vi sinh vật thường sống trong các chất phù du có bản chất vô cơ hay hữu cơ nên chúng có thể làm thay đổi kích thước và hình dạng của các chất này dẫn đến làm thay đổi tốc độ
sa lắng cũng như sự tích tụ các hạt sa lắng trong thủy vực. Do sự trú ngụ của vi sinh vật mà các hạt phù du có thể bị phá hủy từng phần hoặc hoàn toàn thông qua việc chúng được vi sinh vật sử dụng làm thức ăn hoặc tan vào dung dịch qua các phản ứng vô cơ.
Sự bám của vi sinh vật thường làm tăng kích thước của các hạt sa lắng. Vi sinh vật cũng có tác dụng hợp nhất nhiều hạt nhỏ lại thành hạt lớn. Chẳng hạn như trường hợp ở nấm nhờ rễ giả hoặc sợi nấm có thể giữ được nhiều hạt và cuối cùng liên kết chúng lại với nhau. Tác dụng tương tựở nhóm vi khuẩn có tiên mao và khuẩn mao có khả năng gây ra sự kết đám các hạt cực nhỏ. Các vi sinh vật này có vai trò quan trọng trong sự kiến tạo nền đáy của các thủy vực.
Vi sinh vật cũng có thể gây nên các quá trình sa lắng thông qua các hoạt động trao đổi chất của chúng. Chẳng hạn như sự kết tủa của vôi trong các vùng biển nông nhiệt đới là do sự thay đổi pH trong hàng loạt quá trình vi khuẩn học khác nhau gây nên.
Trong đa số các phần lắng cặn của các thuỷ vực nội địa và các vùng biển, nhất là các vùng giàu các chất hữu cơ dễ bị phân giải, luôn diễn ra các hoạt động phong phú của vi sinh vật. Do tác động của vi sinh vật mà hàm lượng tổng số các chất hữu cơ trong phần lắng cặn giảm và thành phần của chúng cũng bị biến đổi. Trong các phần lắng cặn giàu chất dinh dưỡng thuộc các thủy vực giàu thức ăn thường xuất hiện các vùng yếm khí do việc tiêu thụ oxy hoá mạnh của vi sinh vật để phân giải chất hữu cơ.
Ở các vùng yếm khí này xảy ra các quá trình lên men như phản nitrat hoá hoặc phản sunphat hoá. H2S sinh ra từ sự khử sunphat sẽ liên kết với Fe tạo thành FeS dẫn đến việc tạo thành chất bùn sunfua sắt màu đen có mùi khó chịu. Bùn này thường được tích lũy rất nhiều ở các đầm hồ và các vùng bị nhiễm nước thải.