Đối tượng chính của phương pháp phân tích theo AAS là phân tích vi lượng, các nguyên tố trong các loại mẫu vô cơ hoặc hữu cơ. Nguyên tắc chung khi phân tích các loại mẫu này gồm hai giai đoạn:
Giai đoạn 1: Xử lí mẫu để đưa nguyên tố cần xác định về trạng thái dung dịch theo một kĩ thuật phù hợp để chuyển hoàn toàn nguyên tố đó vào dung dịch cho phép đo đã chọn.
Giai đoạn 2: Phân tích các nguyên tố dựa trên phổ hấp thụ nguyên tử của nó, trong những điều kiện thích hợp đã được nghiên cứu và lựa chọn.
Giai đoạn 1 là giai đoạn cực kì quan trọng, nếu xử lí mẫu không tốt có thể dẫn đến mất nguyên tố phân tích hoặc làm nhiễm bẩn mẫu, làm ảnh hưởng đến kết quả phân tích.
Tùy thuộc vào bản chất của chất phân tích, đối tượng mẫu, điều kiện trang bị kĩ thuật...có các phương pháp sau đây để xử lí mẫu [25].
- Xử lý mẫu vô cơ
Phân tích dạng trao đổi (còn gọi là dạng dễ tiêu): kim loại ở thể này có thể tan trong nước, dung dịch muối hoặc axit loãng.
Phân tích tổng số: Để phân tích tổng số người ta xử lý mẫu để chuyển kim loại về dạng muối tan. Có thể vô cơ mẫu bằng các loại axit có tính oxi hóa mạnh như axit nitric, sunfuric, pecloric hoặc hỗn hợp các axit.
- Xử lý mẫu hữu cơ
Các chất hữu cơ rất phong phú, đa dạng. Trong các mẫu này kim loại ít khi ở dạng dễ tiêu, do đó để phân tích kim loại trong mẫu hữu cơ, thường phải tiến hành phân tích tổng số. Trước khi phân tích, mẫu thường được xử lý bằng một trong các phương pháp sau: vô cơ hóa khô, vô cơ hóa ướt, xử lý ướt bằng lò vi sóng, xử lý mẫu bằng kĩ thuật lên men.
