Thực hiện chủ chương đường lối đổi mới của Đảng và Nhà nước, trong những năm qua nền kinh tế của huyện đã cĩ bước chuyển biến theo hướng tích cực là một huyện miền núi cĩ tập quán canh tác nơng lâm nghiệp lâu đời, cơ cấu kinh tế của huyện Phù Yên vẫn là sản xuất nơng - lâm - nghiệp tỉ trọng cao, tỉ trọng cơng nghiệp xây dựng cịn nhỏ bé, khu vực dịch vụ tăng chậm. Tuy nhiên xu thế phát triển của nền kinh tế ngày càng heo hướng tiến bộ, phù hợp với xu thế chung của cả tỉnh cũng như cả nước, giảm dần tỉ trọng khu vực sản xuất nơng - lâm nghiệp, tăng dần tỉ trọng trong cơng nghiệp và dịch vụ trong cơ cấu GDP. Qua tính tốn sơ bộ chỉ tiêu GDP tồn huyện ước đạt (tính theo giá trị so sánh là 389.155 triệu đồng, tốc độ tăng trưởng bằng 13.7% so với năm 2003 trong đĩ tính theo cơ cấu:
Ngành Cơng nghiệp và xây dựng cơ bản chiếm 13.4%, tăng 4% so với năm 2003.
Ngành dịch vụ chiếm 31.5% tăng 1.5% so với năm 2003.
Bình quân GDP đầu người đạt 308 USD/người/năm, nhìn chung tình hình đời sống của nhân dân các dân tộc trong huyện được nâng lên rõ rệt so với các năm trước (tuy cĩ lúc cĩ nơi xảy ra đĩi giáp hạt nhưng bà con tự vay trong nội bộ dân cư và một phần vay kho lương thực huyện. Toàn huyện chỉ cĩ 311 hộ thiếu đĩi, giáp hạt chiếm 1.6%, khơng cĩ hộ nào thiếu đĩi gay gắt).
Sản xuất nơng nghiệp tiếp tục chuyển dịch theo hướng tập chung đẩy mạnh thâm canh tăng năng suất, ứng dụng khoa học, kỹ thuật vào sản xuất để nâng cao giá trị thu nhập trên 1 ha đất canh tác. Do tập chung, thâm canh tăng vụ, đẩy mạnh khai hoang ruộng nương, xây dựng nương định canh, sử dụng giống mới đặc biệt giống lúa lai, giống ngơ và đậu đỗ các loại trên tất cả các vùng trong huyện, do đĩ sản lượng thực năm sau hơn năm trước (cụ thể: Năm 2000 đc 27.551 tấn, năm 2001 đạt 29.154tấn, năm 2002 đạt: 36.331 tấn, năm 2003 đạt 42.143, năm 2004 đạt 43.247 tấn) Phong trào thâm canh tăng vụ, tập trung ở những vùng điểm lúa như: Quang Huy, Huy Thượng, Huy Tân, Huy Bắc, Huy Hạ, Gia Phù, Tường Phù... Xuất hiện nhiều điển hình tiên tiến.
Thực hiện quyết định của huyện Đảng bộ khố XV, XVI, 6 năm qua phong trào chuyển hướng sản xuất tự cung, tự cấp song Sản xuất hàng hố như: Phát triển cây CN, cây ăn quả, KT rừng, chăn nuơi và các ngành nghề dịch vụ, chế biến... tập trung chuyển dịch cơ cấu KT nơng nghiệp theo hướng CNH, HĐH phát triển đa dạng phong phú đúng hướng nền KT nhiều thành phần. Khai thác triệt để thế mạnh của huyện về Nơng - Lâm nghiệp nhằm đạt tốc độ tăng trưởng KT nhanh, hiệu quả, vững chắc, giải quyết tốt những vấn đề bức xúc của XH, bảo đảm sự ổn định chính trị, dân chủ và cơng bằng XH.