Người quản lý phải hiểu được những vấn đề thường xảy ra nhất đối với các cơ sở dữ liệu. Những nhà chuyển giao hệ thống thông tin địa lý phải nhận thức được sự đảm bảo an toàn cho cơ sở dữ liệu về lâu dài như là một phần cải tiến hệ thống.
Các số liệu sau khi đã được số hoá phải được kiểm tra độ chính xác của nó. Dữ liệu không gian có thể kiểm tra bằng cách so sánh bản số hoá với bản vẽ trên giấy bóng can, cần kiểm tra sai sót cục bộ và tính phù hợp khi liên kết dữ liệu. Dữ liệu phi không gian có thể kiểm tra bằng cách in ra và so sánh các nội dung bằng mắt thường. Có thể dùng chương trình kiểm tra độ chính xác các liên kết. Chương trình này được thiết kế theo kiểu khi gặp sai số thì sẽ đánh dấu lại. Bằng cách như vậy ta sẽ loại bỏ những sai số thông thường.
Khi dữ liệu nhập vào bị sai bị thiếu hoặc có nhiều thông tin địa lý thay đổi theo thời gian thì phải tiến hành bổ sung, sửa chữa, thay đổi lại cơ sở dữ liệu. Những giá trị thuộc tính hay không gian trên bản đồ được bổ sung sửa chữa bằng cách thay đổi, thêm bớt những đối tượng đã số hoá. Những bổ sung trong cơ sở dữ liệu vector có thể thực hiện bằng cách sử dụng khoá trong dữ liệu mới, chỉ ra vị trí trong bảng số, hoặc dùng lệnh để thực hiện việc quay, thêm, xoá, dịch chuyển…ghép tách các phần theo yêu cầu.
Việc xây dựng một cơ sở dữ liệu số khá tốn kém, đồng thời nó có thể sử dụng lâu dài vì vậy phải lưu trữ dữ liệu, thực chất là việc chuyển đổi thông tin số hoá trong máy ra các môi trường nhớ cố định để được bảo vệ tốt hơn. Trong hầu hết các trường hợp, dữ liệu được lưu trữ trong các môi trường từ như băng từ, đĩa từ... thông thường kết quả số hoá được ghi lưu ít nhất ở cơ số 2