Nguyên nhân vì sao du lịch sinh thái tại các khu bảo tồn thiên nhiên Việt Nam chưa được phát triển tương xứng với tiềm năng của nó thì khá nhiều. Nhưng nhìn chung nó có một vài nguyên nhân chính.
Sự ít hiểu biết về khái niệm du lịch sinh thái là một hạn chế không nhỏ cho việc phát triển du lịch sinh thái. Du lịch sinh thái là một loại hình du lịch khá mới mẻ cả về khái niệm, tổ chức hoạt động, quy hoạch, chính sách đầu tư khai thác. Vấn đề phổ cập kiến thức du lịch sinh thái chưa được các nghành liên quan quan tâm đúng mức. Hầu hết nhân dân Việt nam chưa có khái niệm về du lịch sinh thái.
Một nguyên nhân quan trọng nữa là do lực lượng quản lý tại các khu vườn quốc gia và khu bảo tồn thiên nhiên thiếu cả về số lượng lẫn kiến thức chuyên môn về bảo tồn cũng như du lịch sinh thái. Mặc dù du lịch là một trong những chức năng, nhiệm vụ của vườn quốc gia. Nhưng thực tế các vườn mới chỉ chú trọng đến bảo vệ rừng mà chưa quan tâm tới việc quản lý rừng bền vững và phát triển du lịch sinh thái. Các khu bảo tồn thiên nhiên còn thiếu những phương tiện cung cấp các thông tin giáo dục, diễn giải môi trường và chưa có được những hướng dẫn viên du lịch sinh thái chuyên nghiệp, am hiểu đầy đủ, tường tận các tài nguyên du lịch của chính mình.
Các điểm du lịch sinh thái chưa được quy hoạch là một trở ngại lớn cho việc phát triển của nghành du lịch này tại Việt nam. Hầu hết các khu bảo tồn thiên nhiên chưa có phân vùng dành cho du lịch sinh thái. Không có các nguyên tắc chỉ đạo dựa vào đó các đối tượng biết mình đang tiến hành du lịch sinh thái hay một hình thức du lịch nào khác .
Sự thiếu tiếp thị quảng cáo cho du lịch sinh thái cũng là một nguyên nhân quan trọng kìm hãm sự phát triển của du lịch sinh thái ở Việt nam. Thiếu tiếp thị, quảng cáo, tuyên truyền dẫn đến thiếu nhu cầu trong thị trường. Điều này lại dẫn đến sự thiếu động lực thúc đẩy các cơ quan chức trách có thẩm quyền và các nhà đầu tư để họ quan tâm hơn đến việc ưu tiên đầu tư cho bảo tồn và du lịch sinh thái.
Một nguyên nhân không kém phần quan trọng là sự kém phát triển của cơ sở hạ tầng phục vụ du lịch nói chung và du lịch sinh thái nói riêng. Tuy du lịch sinh thái và các khách du lịch sinh thái không chú trọng lắm tới sự hiện đại của cơ sở vật chất, nhưng cần có sự phục vụ tối thiểu để du khách không phải bận lòng mỗi khi cần đến chúng.
Nhìn chung nguyên nhân quan trọng nhất gây trở ngại cho việc phát triển du lịch sinh thái ở các vườn quốc gia và các khu bảo tồn thiên nhiên lại là thiếu sự phối hợp kếi hợp giữa các cơ quan, các nghành, các cấp trong việc
xây dựng các chính sách phát triển và quy hoạch du lịch. Du lịch sinh thái là một ngành du lịch liên quan đến nhiều lĩnh vực, cần phải có sự kết hợp của nhiều ngành liên quan mới có thể phát triển đựơc.
