II. Những mâu thuẫn phát sinh trong quá trình thực hiện quản lý và tổ chức
1. Về phơng pháp tính thuế GTGT
“Qua gần 3 năm thực hiện thuế GTGT cho thấy sử dụng hai phơng pháp tính thuế gây ra nhiều bất cập trong việc khấu trừ thuế đầu vào, doanh số nh nhau nhng kết quả nộp khác nhau. Điều này cho thấy luật thuế cha ổn định về phơng pháp
tính thuế, dẫn đến không công bằng trong nghĩa vụ nộp thuế, do đó cần nghiên cứu kỹ phơng pháp tính thuế GTGT, đây là nội dung cơ bản nhất của luật thuế GTGT. Mặt khác, để quản lý cơ sở áp dụng phơng pháp tính trực tiếp phải huy động gần một nửa Cán bộ thuế với chi phí tơng ứng nhng thu cho ngân sách Nhà nớc chỉ chiếm gần 10% trong tổng thuế GTGT. Xuất phát từ kinh nghiệm các nớc và nguyên tắc hữu hiệu chính sách thuế, để thuế GTGT vận hành mang tính liên tục không gián đoạn (đầu vào khi nào cũng đợc khấu trừ), hạn chế loại bỏ việc khấu trừ không phải là giải pháp tính thuế, cũng nh khắc phục triệt để thuế chồng lên thuế, trùng lặp của thuế”.
Vì vậy, thiết nghĩ về cơ bản lâu dài chỉ nên áp dụng một phơng pháp duy nhất là phơng pháp khấu trừ thuế.
Hiện tại phơng pháp trực tiếp chỉ đợc quy định tồn tại trong giai đoạn quá độ để chuẩn bị đầy đủ các điều kiện áp dụng phơng pháp khấu trừ . Đồng thời đối tợng nộp thuế theo phơng pháp trực tiếp nên thu hẹp theo hớng chuyển sang áp dụng theo phơng pháp khấu trừ, số còn lại chỉ nên áp dụng đối với đối tợng nộp thuế có doanh số hàng năm thấp nhng doanh số trên ngỡng chịu thuế GTGT. Việc xác định doanh số bao nhiêu là cao, bao nhiêu là thấp là một vấn đề hết sức phức tạp.