Theo số liệu của Tổng cục Thống kê Việt Nam năm 2007, thành phố Hà Nội trước khi mở rộng có 232 trạm y tế, 26 phòng khám khu vực và 19 bệnh viện, tổng cộng 4.448 giường bệnh cùng 1.705 bác sỹ thuộc Bộ Y Tế. Tỉnh Hà Tây cũng có 322 trạm y tế, 17 phòng khám khu vực, 16 bệnh viện, tổng cộng có 4.560 giường bệnh và 986 bác sỹ. Do sự phát triển không đồng đều nên những bệnh viện lớn của Hà Nội, cũng là của cả miền Bắc, chỉ tập trung trong khu vực nội thành. Các bệnh viện lớn như Việt Đức, Bạch Mai, Nhi Thụy Điển, Bệnh viện Phụ sản Hà Nội đều trong tình trạng quá tải. Cùng với hệ thống y tế của nhà nước, Hà Nội cũng có một hệ thống bệnh viện, phòng khám tư nhân đang phát triển. Năm 2007, toàn thành phố có 8 bệnh viện tư nhân với khoảng 300 giường bệnh. Theo đề án đang được triển khai, đến năm 2010 Hà Nội sẽ có thêm 8 đến 10 bệnh viện tư nhân. Khi đó, tổng số giường bệnh tư nhân sẽ lên tới khoảng 2.500 giường.
Tương tự thành phố Hồ Chí Minh, điều kiện chăm sóc y tế giữa nội thành và các huyện ngoại thành Hà Nội có sự chênh lệch lớn. Sau đợt mở rộng địa giới hành chính năm 2008, mức chệnh lệch này càng tăng, thể hiện qua các chỉ số y tế cơ bản. Nếu như tại địa phận Hà Nội cũ, tỷ lệ trẻ em bị suy dinh dưỡng là 9,7%, thì ở Hà Tây con số lên tới 17%. Tương tự, tuổi thọ trung bình tại khu vực Hà Nội cũ khá cao, 79 tuổi, nhưng sau khi mở rộng, con số này bị kéo xuống còn 75,6
tuổi. Tại không ít khu vực thuộc các huyện ngoại thành, cư dân vẫn phải sống trong điều kiện vệ sinh rất kém, thiếu nước sạch để sinh hoạt, phải sử dụng nước ao, nước giếng.