Thanh toán vốn chính là một khâu quan trọng để kiểm soát việc thực hiện chi vốn ngân sách. Chất lợng của khâu thanh toán vốn phụ thuộc vào:
- Chất lợng khâu lập dự toán ban đầu
- Tình hình thực hiện thi công và hoàn thành khối lợng công trình theo tiến độ của đơn vị.
- Chất lợng hệ thống thanh toán vốn của cơ quan tài chính và Kho bạc Nhà nớc.
Hạn chế lớn nhất của khâu thanh toán vốn hiện nay là việc giải ngân chậm, chi ngân sách bị dồn vào cuối năm.
Để đẩy nhanh tiến độ thi công hoàn thành công trình của các đơn vị, Sở Tài chính – Vật giá cần phối hợp với đơn vị chủ quản và các cơ quan có thẩm quyền đôn đốc các đơn vị tiến hành thực hiện vốn đã đợc bố trí theo kế hoạch, khắc phục tình trạng kế hoạch, khắc phục tình trạng kế hoạch vốn đã giao mà không đợc chi hoặc tỷ lệ thực hiện kế hoạch quá thấp, hoặc việc dồn các khoản chi vào cuối năm, ảnh hởng đến tiến độ công trình và gây khó khăn cho công tác quyết toán của cơ quan tài chính.
Về phần mình, cơ quan quản lý thanh toán (kho bạc) cần kết hợp chặt chẽ với cơ quan quản lý cấp phát (Sở Tài chính), thực hiện nhanh chóng việc chuyển vốn, thanh toán vốn cho các đơn vị có đầy đủ hồ sơ thanh toán, hớng dẫn cho các đơn vị còn thiếu, tạo điều kiện thuận lợi cho việc giải ngân các công trình. Đồng thời, hai cơ quan này cần tăng cờng chế độ thông tin báo cáo lẫn nhau để kiểm soát các khoản chi, giám sát tiến độ và khối lợng thanh toán vốn, từ đó kịp thời đốc thúc và phát hiện các sai sót.
Hiện nay, theo quy định mới của Luật Ngân sách 2002, Nghị định số 10/2002/NĐ - CP ngày 16/01/2002 của Chính phủ về cơ chế tài chính cho các đơn vị sự nghiệp có thu, Quyết định số 192/2001/QĐ - TTg ngày 17/12/2001 về việc mở rộng thí điểm khoán biên chế và kinh phí quản lý hành chính, hạn mức kinh phí hoặc số kinh phí khoán của các cơ quan đơn vị nếu chi không hết (do tiết kiệm hoặc tăng thu) và kinh phí chi hoạt động thờng xuyên, khoản thu sự nghiệp (đối với đơn vị sự nghiệp có thu). Chi đâu t XDCB cơ bản không áp dụng quy định này.
Đối với chi vốn sự nghiệp có tính chất đầu t XD, quy định tơng tự có thể có tác dụng. Tuy nhiên cần lu ý điểm khác biệt. Hai quy định nêu trên là nhằm khuyến khích các cơ quan hành chính và đơn vị sự nghiệp tiết kiệm chi quản lý hành chính và tăng thu, vì vậy còn có quy định cho phép các cơ quan đơn vị này sử dụng một phần kinh phí dôi ra để tăng lơng và đầu t tăng cờng cơ sở vật chất. Đối với vốn sự nghiệp có tính chất đầu t XD, chỉ đợc dùng vào mục đích duy nhất là chi cho công trình, dự án đang thực hiện và việc cho phép chuyển hạn mức thừa sang năm sau chỉ là giải pháp tình thế cho các đơn vị do điều kiện khách quan không thực hiện tốt kế hoạch vốn đã giao. Vì vậy để tránh tình trạng bị lạm dụng cần phải kèm theo những quy định chặt chẽ hơn. Ví dụ có giải trình về nguyên nhân không thực hiện đúng kế hoạch, vốn chuyển sang năm sau phải đợc thực hiện xong trong một thời gian nhất định.