Công ty cổ phần Phượng Hoàng thực hiện thanh toán với hai hình thức là L/ C không thể hủy ngang và T/T . Với khách hàng giao dịch những lần đầu công ty thanh toán bằng L/C không thể hủy ngang, điều kiện thanh toán này đảm bảo quyền lợi cho các bên, nhưng tốn kém do chi phí mở L/C. Khi mối quan hệ mua bán lâu dài, các bên có sự tin tưởng lẫn nhau hơn, đối tác thường yêu cầu công ty Phượng Hoàng thanh toán theo hình thức T/T. Đối với MEIJI yêu cầu công ty Phượng Hoàng phải thanh toán trước 100% giá trị đơn hàng, còn Arcor trả trước 20% giá trị đơn hàng, sau khi hàng lên tàu thanh toán nốt 80% còn lại.Vận đơn được chuyển qua đường hàng không. Phương thức này đơn giản nhưng chứa đựng nhiều rủi ro, công ty chỉ thực hiện với các đối tác tin cậy, làm ăn uy tín,đã thực hiện giao dịch nhiều lần. Sau khi thanh toán xong công ty mới nhận chứng từ rồi đi nhận hàng. Hạn chế mà công ty Phượng Hoàng gặp phải khi thanh toán theo phương thức T/T là vấn đề về vốn, do công ty có vốn lưu động còn nhỏ nên để thanh toán trước tiền hàng nhập khẩu công ty phải vay ngân hàng để thanh toán, rủi ro nghiệm trọng hơn nữa là do công ty thẩm định chưa đúng đối tác, dẫn đến các vấn đề phát sinh là tiền hàng đã thanh toán mà bên bán có thể chậm giao hàng, không giao hàng, gây ảnh hưởng không tốt tới việc kinh doanh của công ty, hàng chậm cung cấp ra thị trường, vốn bị ứ đọng, việc khiếu nại tốn kém thời gian, chi phí. Tuy nhiên phương thức này cũng có những ưu điểm đó là: thủ tục thanh toán tương đối đơn giản so với L/C, phí thanh toán bằng T/T cũng thấp hơn nhiều so với mức phí mở L/C.