- Năm 2007: Kế hoạch được giao số thu thuế: 30.800 tỷ đồng, đạt số thu thuế: 34.342 tỷ đồng
b.Những hạn chế
-Cụng tỏc quản lý (nghiệp vụ, cỏn bộ, đầu tư,…) kộm năng động và thiộu nhất quỏn. Phương phỏp quản ý lạc hậu dựa vào thủ cụng là chớnh.Trỡnh độ cỏn bộ cũn thấp, một bộ phận cỏn bộ, cụng chức hải quan cú những biểu hiện tiờu cực, nhũng nhiễu, vụ lợi và khụng cũ quyết tõm chớnh trị cao trong cải cỏch và hiện đại húa.
Mặc dự việc bố trớ cỏn bộ, cụng chức trong Cục dần theo hướng chuyờn sõu nhưng trong ngành võn chưa hoàn chỉnh cỏc chức danh theo nhúm cụgng việc, những chuyờn mụn theo đặc thự cụng tỏc Hải quan nờn việc bố trớ sắp xếp đang tiếp tục triển khai.
Việc luõn chuyển cỏn bộ, cụng chức chủ yếu dựa vào thời gian cụng tỏc.Tứng lĩnh vực cụng tỏc, từng nhúm cụng việc nghiệp vụ đặc thự chưa cú chuyờn gia giỏi ( Về HS, GATT, C/O,…).
-Hệ thống văn bản phỏp luật chưa hoàn thiện, thiếu đồng bộ ,cũn chồng chộo. Luật hải quan, Luật quản lý thuế, Luật thuế xuất nhập khẩu đó cú hiệu lực nhưng chậm ban hành nờn khi thực hiện gặp nhiều khú khăn.Cỏc bộ ban ngành chức năng đều cú những vấn đề thiếu nhất quỏn, khụng đồng bộ nờn dẫn đến tỡnh trạng cứ khi thưc hiện văn bản này lại chưa đồng ý với văn bản khỏc. Nội dung cú khi quy định khụng rừ ràng, dễ dẫn đến nhiều cỏch hiểu khỏc nhau. Những thiếu sút nhược điểm khụng chỉ gõy khú khăn cho doanh nghiệp mà cũn cả cho cơ quan hải quan. Sự phối hợp giữa cỏc đơn vị, giữa cỏc địa phương, giữa càc ngành hải quan với cỏc đơn vị trong và ngoài ngành Tài Chớnh chưa cao. Ngõn sỏch dành cho quản lý và phỏt triển cũn cú hạn.
-Trang thiết bị, Cơ sở hạ tầng, kĩ thuật để quản lý, kiểm tra giỏm sỏt hàng húa chưa đỏp ứng được yờu cầu. Hệ thống thụng tin hiện tại chưa đỏp ứng được yờu cầu quản lý cụng việc theo phương phỏp hiện đại mặc dự đó được nõng cấp: như mỏy soi cố định, mỏy soi container cố định, cõn xe, Hệ thống camera giỏm sỏt từ xa đó cú chủ trương nhưng chậm được trang bị.
-Việc ứng dụng nghiệp vụ quản lý hải quan hiện đại như quản lý rủi ro, kiểm tra sau thụng quan mới ở bước sơ khai và cũn nhiều bất cập, đặc biệt trong cụng tỏc thi thập và xử lý thụng tin, phục vụ tớnh thuế. Trong khi đú hệ thống CNTT cũn thiếu đồng bộ và chưa ổn định.Thụng tin phục vụ quản lý chưa kịp thời, chớnh xỏc, đầy đủ, khụng cú hệ thống đỏng tin cậy để thu thập, phõn tớch thụng tin,phổ biến thụng tin kề cả cỏc dữ liệu quản lý và hoạt động. Việc triển khai phõn tớch thớ điểm thụng quan điển tử chưa mở rộng được nhiều về loại
hỡnh và số lượng doanh nghiệp, quy trỡnh thủ tục hải quan điện tử chưa tiờu chuẩn húa được gõy khú khăn, chậm trễ cho doanh nghiệ trong việc tự kờ khai tớnh thuế, cơ quan Hải quan trong việc kiểm tra hang hoỏ Xuất, Nhập khẩu và kờ khai thuế,quản lý thuế của Doanh Nghiệp...
-Trong cụng tỏc quản lý thuế và thu thuế cũn nhiều vấn đề bất cập. Khú khăn trong việc phõn tớch, phõn loại hàng húa để ỏp mó hàng húa để tớnh thuế và định trị giỏ cho hàng húa để tớnh thuế xuất nhập khẩu cho hàng húa dẫn đến chờnh lệch thuế, trốn thuế, gian lận thuế,… gõy thất thoỏt việc thu ngõn sỏch nhà nước.
-Hệ thống tiờu chuẩn chức danh cho từng nhúm cụng việc và cụng tỏc đào tạo ,bồi dưỡng để cú đội ngũ cỏn bộ ,cụng chức chuyờn sõu và đảm bảo chế độ luõn chuyển cũn lỳng tỳng,tớnh chuyờn nghiệp của cỏn bộ cún chưa cao .Một bộ phận cỏn bộ cụng chức trong Cục chưa nhận thức được đầy đủ về phỏt triển và hiện đại húa ,thực hiện cụng vụ theo “đường mũn”,ngại đổi mới đó dẫn đến thiếu hiểu biết và nảy sinh cỏc tiờu cực trong ngành Hải quan thời kỡ hội nhập kinh tế.
-í thức tuõn thủ phỏp luật trong hoạt động xuất nhập khẩu hàng húa và hành khỏch xuất nhập cảnh cũn thấp; một bộ phận cỏc doanh nghiệp chưa nghiờn cưu sõu ,đầy đủ và hệ thống cỏc quy định mới của Luật hải quan,Luật thuế xuất nhập khẩu, Luật quản lý thuế, một số doanh nghiệp lợi dụng sư thụng thoỏng và tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động XNK để buụn lậu, gian lõn thương mại, trốn thuế theo nhiếu hỡnh thứ khỏc nhau, gõy nờn sự khú khăn trong cụng tỏc giỏm sỏt quản lý của Hải quan.
-Bộ mỏy tổ chức cũn khỏ cồng kềnh,việc quản lý lónh đạo cũn nhiều bất cập trong hoạt động quản lý thuế va thu thuế .Bộ mỏy hiện nay chủ yếu để giải quyết việc trước mắt nờn bị phõn tỏn,chưa tập trung cao độ để phục vụ cho chỉ huy ,điều hành...