- Thứ nhất, cơ cấu tổ chức của khối vốn hiện nay mặc dù đã được cơ cấu lại theo mô hình hiện đại nhưng chưa có sự phân công phân nhiệm một cách rõ ràng và chuẩn mực. Các chức năng và nhiệm vụ của các phòng ban vẫn còn chồng chéo. Bản thân mỗi phòng cũng chưa thực hiện được toàn bộ các chức năng chủ chốt của mình. Điều này là khó tránh khỏi vì việc cơ cấu lại, việc phân công phân nhiệm mới được thực hiện vào 01/07/2009 mặc dù thời gian nghiên cứu và chuẩn bị cho quyết định cơ cấu đã được thực hiện trong một thời gian rất dài. Các phòng/ ban chức năng cần có thời gian để đi vào hoạt động và đào sâu trong lĩnh vực nghiệp vụ chuyên môn.
- Thứ hai, chính sách, cơ chế dành cho các bộ phận giao dịch trong hệ thống vẫn còn nhiều bất cập như về cơ chế lãi suất, về cơ chế xin cho vẫn còn tồn tại, những biện pháp về điều hành lãi suất vẫn chỉ mang tính chất tình thế, dựa vào chủ trương điều hành của NHNN chưa mang tình dự báo một cách chủ động.
- Thứ ba, Ủy ban ALCO đã được thành lập và đã hoạt động nhưng trên thực tế, vai trò của ALCO tại NHNT vẫn còn hết sức mờ nhạt, chưa thực hiện được những chức năng hết sức quan trọng để quản trị rủi ro thị trường cho ngân hàng. Thậm chí, ALCO vẫn chưa có một quy chế hoạt động riêng và chính thức cho ALCO và hiện vẫn hoạt động dựa trên ý chí chủ quan của Chủ tịch ALCO.
- Thứ tư, việc tồn tại một chi nhánh được phép như chi nhánh TP.Hồ Chí Minh trong hầu hết các nghiệp vụ giao dịch của bộ phận vốn của ngân hàng là không cần thiết, không đạt được mục đích giảm chi phí tăng hiệu quả và gây ra sự phức tạp và khó khăn trong quản lý và kiểm soát về hạn mức giao dịch, về hạn mức rủi ro, đi ngược lại với cơ chế và nguyên tắc quản lý vốn tập trung.
- Thứ năm, cơ chế thưởng phạt đối với khối vốn rất quan trọng do hoạt động kinh doanh của khối vốn mang tính chất tự doanh là chủ yếu, đặc biệt trong hoạt đông kinh doanh trên thị trường ngoại hối. Tuy nhiên, đến nay, NHNT vẫn chưa hề có một cơ chế nào cho lĩnh vực này.
- Thứ sáu, việc sử dụng dịch vụ quản lý tài sản ở nước ngoài của NHNT chưa thực sự có hiệu quả và chưa đáp ứng được mục tiêu mà NHNT hướng tới khi quyết định sử dụng dịch vụ. Đồng thời, NHNT chưa có đủ chuyên môn nghiệp vụ, cơ sở hạ tầng, uy tín để triển khai dịch vụ quản lý tài sản đối với các đối tác là định chế tài chính.