Phương thức thanh toán tín dụng chứng từ là phương thức thanh toán có quy trình tương đối phức tạp và chặt chẽ, vì thế, việc kiểm tra, kiểm soát là một trong những nhiệm vụ quan trọng giúp cho quá trình thực hiện các bước thanh toán trở nên hiệu quả và an toàn. Ngay từ buổi đầu đi vào hoạt động, TTGDHS đã chú trọng đến công tác kiểm tra, kiểm soát nhưng thường là chỉ quan tâm nhiều tới công tác tín dụng, vì vậy cần thiết phải chú trọng hơn nữa tới công tác kiểm tra, kiểm soát hoạt động thanh toán tín dụng chứng từ. Trung tâm cần có những biện pháp xây dựng quy trình kiểm tra, kiểm soát một cách cụ thể và hợp lý. Xuyên suốt quá trình thanh toán tín dụng chứng từ ở mỗi thương vụ, cần phải có quy định về công tác kiểm tra, kiểm soát ở mỗi động tác nghiệp vụ một cách khoa học và chi tiết: có sự phân công cụ thể cho mỗi chuyên viên khách hàng và chuyên viên thanh toán và cán bộ phụ trách giao dịch về nội dung kiểm tra, thậm chí cả về phương pháp kiểm tra, kiểm soát. Có như vậy mỗi chuyên viên cũng như ban lãnh đạo mới kịp thời phát hiện ra những sai sót để có biện pháp xử lý một cách thích hợp, kịp thời, tránh được những tổn thất cho ngân hàng và khách hàng.
Để nâng cao chất lượng công tác kiểm tra, kiểm soát trong thanh toán tín dụng chứng từ, TTGDHS cần đề ra những quy định, chế độ thưởng phạt để tăng cường trách nhiệm cho các chuyên viên khách hàng và chuyên viên thanh toán. Song song với công tác đào tạo bồi dưỡng về kiến thức chuyên môn, nghiệp vụ, kinh nghiệm kiểm tra, kiểm soát trong phương thức thanh toán tín dụng chứng từ của các ngân hàng ở các nước tiên tiến trên thế giới cũng như các quy định pháp lý trong lĩnh vực thanh toán, Trung tâm cũng cần chú ý bồi dưỡng về đạo đức, tác phong, tính kỷ luật và chuyên nghiệp của các cán bộ nhân viên ngân hàng.