Với những thành tựu đã đạt được trong hoạt động thanh toán cũng như trong TTKDTM thì nó vẫn còn bộc lộ những khó khăn cần sớm phải được khăc phục. Hoạt động TTKDTM năm 2006 đã chiếm 77% tỷ trọng trong tổng doanh số thanh toán,năm 2007 là 78%. Con số này tuy chưa cao so với các nước (ví dụ như ở Indonesia, ấn độ… thì TTKDTM chiếm khoảng 84%). Do
đó TTKDTM còn có những khó khăn và tồn tại trong các vấn đề:
- Do mặt bằng xã hội chưa cao về mọi mặt, trình độ dân trí còn thấp làm cho hoạt động TTKDTM bị hạn chế. Trình độ hiểu biết của khách hàng có hạn chế nên việc tiếp cận và sử dụng các hình thức TTKDTM chưa phát triển.
- Chiến lược kinh doanh trong việc phát triển và mở rộng hoạt động TTKDTM tại NH còn chưa rõ ràng và mạnh mẽ.
- Chưa tung ra được các sản phẩm dịch vụ TTKDTM mới nhằm mở rộng và thu hút khách hàng.
- Chưa phát triển mạnh việc phát hành thẻ thanh toán cá nhân sử dụng tài khoản cá nhân. Đây là phương thức TTKDTM tiên tiến hiện đại, được sử dụng nhiều tại các nước phát triển.
- Trong công tác nhân lực thì việc phân công bố trí cán bộ có nhiều biến động,cán bộ sáo trộn nhiều,một số cán bộ chứ thể hiện tính tích cực trong công việc.trình độ ngoại ngữ ,tin học, sử dụng các sản phẩm mới còn yếu,nhiều cán bộ cần phảI đào tạo thêm tại các lớp,các khoá cơ bản đểđảm bảo cho công tác chuyên môn.
- Tiến trình hiện đại hoá NH diễn ra còn chậm so với yêu cầu phát triển các sản phẩm kinh doanh NH. Do nếu thay thế toàn bộ máy móc, công nghệ hiện nay đòi hỏi chi phí rất lớn, vượt quá khả năng các NHTM trong nước, chỉ có thể thay thế và trang bị dần từng bước.
- Công tác điều hành chưa sử dụng có hiệu quả,chưa có cơ chế thưởng phạt để thúc đẩy khả năng phấn đấu của nhân viên nhằm mang lại hiệu quả kinh doanh cho chi nhánh,do thay đổi trong cán bộ quản lý cảu chi nhánh,do đó một số mục tiêu đặt ra cònchưa thực hiện được.
- Tuy đã tiếp cận được với khu vực dân cư nhưng chưa phổ biến, nhất là đối với những người có thu nhập đều đặn như CBCNV Nhà nước và các doanh
nghiệp.
- Hoạt động Maketing của NH chưa phát huy được hết khả năng của mình, chưa chủ động tìm đến với khách hàng.
- Hình thức thanh toán vẫn chủ yếu là hình thức thanh toán bằng UNC ,vì những lý do: nếu tiền để trong túi sẽ thuận tiện nhiều hơn, nhất là việc chi tiêu không phải nơi nào cũng tiếp nhận thẻ thanh toán; phải chi phí nhiều hơn cho việc giao dịch (phí sử dụng thẻ, phí giao dịch, phí quản lý hàng năm…), tự nhiên mất thêm một khoản trông thấy để lấy cái lợi vô hình; cho dù tiền cất trong NH rất an toàn, nhưng số lượng người dân đủ điều kiện tham gia dịch vụ còn ít. Điều này càng làm khó khăn hơn trong công tác phát triển.
- Chất lượng thanh toán có lúc không được đảm bảo, gây ra sự không thoải mái cho khách hàng.
- Thủ tục thanh toán qua NH còn nhiều phức tạp, nhất thiết khách hàng phải đến NH mới thực hiện thanh toán được và thời gian chờ đợi lâu.