Giống cây ăn trái của Việt Nam mới chỉ dừng ở mức độ khai thác các giống đã có sẵn chứ chưa đầu tư thích đáng cho việc phát triển cũng như bảo quản những giống mới có chất lượng cao, phù hợp thị hiếu của các thị trường khác nhau. Hầu hết các cơ sở giống đều thiếu hẳn vườn cây đầu dòng hoặc không có vườn cung cấp mắt ghép được nhân từ cây đầu dòng được xác nhận. Đối với giống cây có múi sạch bệnh được sản xuất trong nhà lưới mỗi năm cũng chỉ khoảng 500.000 cây/năm trong khi đó nhu cầu cần đến 4 đến 5 triệu cây giống mỗi năm và giá bán lại cao (12.000đ đến 15.000đ/cây), do đó nhà vườn khó mua được giống tốt.
Về phát triển giống cây trồng: Đối với phát triển kinh tế nông nghiệp nói chung, ngành hàng rau quả nói riêng, một trong những hướng tác động chủ yếu của khoa học và công nghệ là ứng dụng công nghệ sinh học trong phát triển các loại giống cây trồng, vật nuôi có năng suất, chất lượng và sức chống chịu bệnh cao, không thoái hoá, không làm tổn hại đến đa dạng sinh học...
Đứng trước yêu cầu cấp thiết nâng cao khả năng cạnh tranh và hiệu quả sản xuất nông nghiệp đồng thời tăng thu nhập cho nông. Các doanh nghiệp cần đặt mục tiêu đến năm 2010: Nâng tỷ lệ sử dụng giống tiến bộ kỹ thuật trong sản xuất lên trên 70% để phục vụ xuất khẩu, thay thế nhập khẩu nông sản. Nâng cao năng lực chọn tạo giống, áp dụng công nghệ sản xuất giống để tạo ra nhiều giống mới có đặc tính tốt, năng suất và chất lượng cao. Khuyến khích mọi thành phần kinh tế đầu tư vào nghiên cứu, chọn tạo, sản xuất giống nhằm hoàn thiện hệ thống sản xuất và cung ứng giống theo hướng hiện đại hóa và phù hợp với kinh tế thị trường.
Để thực hiện mục tiêu đưa sản lượng trái cây lên 9 triệu tấn và kim ngạch xuất khẩu đạt 350 triệu USD vào năm 2010, thì phải quy hoạch vùng sản xuất cây ăn trái tập trung an toàn theo hướng GAP (sản xuất nông nghiệp tốt) và ứng dụng công nghệ sau thu hoạch tiên tiến nhằm nâng cao chất lượng, hạ giá
thành sản phẩm đáp ứng yêu cầu thị trường trong và ngoài nước; xây dựng thương hiệu trên cơ sở đảm bảo chất lượng, khối lượng và uy tín về bao bì, nhãn hiệu, dịch vụ giao hàng; xây dựng chiến lược phát triển thị trường trong nước làm cơ sở cho xuất khẩu; đồng thời tăng cường quảng bá trái cây Việt Nam và xúc tiến thương mại.
Phát triển cây ăn quả theo hướng xây dựng các vùng sản xuất tập trung chuyên canh (qui mô phải đạt trên 1.000ha), tạo ra khối lượng sản xuất đủ lớn, có chất lượng cao, đồng đều đáp ứng được yêu cầu của thị trường, trên cơ sở phát huy lợi thế và tiềm năng của từng loại cây trồng ở từng vùng. Tập trung phát triển 11 loại cây ăn quả có lợi thế cạnh tranh, trong đó có một số loại cây chủ lực phục vụ xuất khẩu như: Cam sành, Thanh long, Xoài cát Hoà Lộc, Bưởi Năm Roi, Vải, Vú sữa và Măng cụt. Mỗi tỉnh cần chọn từ 1 đến 2 hoặc 3 cây ăn quả có hội đủ các điều kiện phát triển sản xuất thành sản phẩm hàng hoá chủ lực có đủ sức cạnh tranh trên thị trường trong bối cảnh hội nhập kinh tế khu vực và thế giới.
+ Cam sành: dự kiến quy hoạch phát triển cây cam sành tại vùng ĐBSCL đến năm 2010 là 31 ngàn ha, đạt sản lượng 277,2 ngàn tấn; tập trung tại các tỉnh Vĩnh Long (chủ yếu ở huyện Tam Bình và Trà Ôn), Bến tre (tập trung chính ở huyện Chợ Lách, Mỏ Cày và Châu Thành), Tiền Giang (chủ yếu ở huyện Cái Bè và Cai Lậy), Hậu Giang và Cần Thơ.
+ Thanh Long: Quy hoạch phát triển thanh long tại 3 tỉnh vùng Đông nam bộ và ĐBSCL là Bình Thuận, Tiền Giang và Long An. Dự kiến đến năm 2010 diện tích Thanh long ở 2 vùng này đạt 14,3 ngàn ha, cho sản lượng 236,5 ngàn tấn. Ngoài giống Thanh long vỏ đỏ ruột trắng hiện nay, cần chú ý phát triển các giống mới như vỏ đỏ ruột đỏ; vỏ đỏ ruột tím và vỏ vàng ruột trắng nhằm đa dạng hoá sản phẩm đáp ứng được thị hiếu người tiêu dùng.
+ Bưởi Năm roi: Quy hoạch phát triển bưởi Năm roi đến 2010 là 15 ngàn ha, đạt sản lượng 121,5 ngàn tấn; chủ yếu tại các tỉnh Vĩnh Long (tập trung
chính ở huyện Bình Minh và Trà Ôn) và tỉnh Hậu Giang (chủ yếu ở huyện Châu Thành).
+ Xoài cát Hoà Lộc: Dự kiến đến 2010 có 9,0 ngàn ha xoài cát Hoà Lộc, cho sản lượng xấp xỉ 40 ngàn tấn. Tập trung ở hai tỉnh Tiền Giang (trong đó chủ yếu ở huyện Cái Bè) và tỉnh Đồng Tháp (tập trung chính ở huyện Cao Lãnh).
+ Sầu riêng: Quy hoạch vùng sầu riêng chủ lực tập trung tại vùng Đông nam bộ, trong đó chủ yếu ở tỉnh Đồng Nai (tập trung chính tại các huyện Cẩm Mỹ, Thị xã Long Khánh, Xuân Lộc…) và tỉnh Tây Ninh (chủ yếu tại các huyện Hoà Thành, Tân Châu và Tân Biên). Ngoài ra, cũng có thể phát triển tại một số tỉnh tại vùng ĐBSCL như Bến Tre, Tiền Giang, Vĩnh Long…Các giống sầu riêng chất lượng cao như DONA, Chín Hoá, Ri 6 cần được chú trọng phát triển. Dự kiến đến năm 2010 tổng diện tích sầu riêng cả nước đạt gần 16 ngàn ha, cho sản lượng xấp xỉ 52 ngàn tấn.
+ Măng cụt: Dự kiến quy hoạch đến 2010 phát triển cây măng cụt tại một số tỉnh vùng ĐBSCL và Đông nam bộ, đạt diện tích 11,3 ngàn ha, cho sản lượng 24 ngàn tấn; Trong đó Bến Tre là tỉnh có diện tích măng cụt lớn nhất (tập trung ở các huyện Chợ Lách, Châu Thành); Tiếp theo là Vĩnh Long (tập trung ở huyện Vũng Liêm); Trà Vinh và Bình Dương (tại các huyện Thuận An, Bến Cát và Dầu Tiếng).
+ Vải thiều: Hai vùng trồng vải tập trung sẽ là Thanh Hà - Hải Dương và Lục Ngạn Bắc Giang. Dự kiến quy hoạch đến năm 2010 diện tích vải cả nước đạt 90 ngàn ha, cho sản lượng 315 ngàn tấn; trong đó Bắc Giang đạt 36 ngàn ha, cho sản lượng 177,5 ngàn tấn và vùng Hải Dương: 14,1 ngàn ha, đạt sản lượng 70 ngàn tấn.
+ Về rau: cần xây dựng các trung tâm sản xuất giống rau. Chú trọng nghiên cứu cải tạo những giống rau có chất lượng tốt, cho năng suất cao. Chủ động trong việc tự sản xuất những loại rau đã có sẵn để hạ giá thành. Trong thời gian tới cần chú trọng đến những giống rau nhập từ nước ngoài về. Qui
hoạch các vùng chuyên sản xuất rau, một số nhà máy chế biến đặt tại những vùng nguyên liệu. Về cơ cấu giống, cần chú ý phát triển các giống chín sớm và chín muộn để nhằm hạn chế tác động của thị trường khi tập trung thu hoạch lúc chính vụ, dẫn đến cung vượt quá cầu.