VPBank luôn chú ý đến việc mở rộng quy mô, tăng cường mạng lưới hoạt động tại các thành phố lớn. Cuối năm 1993, Thống đốc NHNN chấp thuận cho VPBank mở Chi nhánh tại thành phố Hồ Chí Minh. Tháng 11/1994, VPBank được phép mở thêm Chi nhánh Hải Phòng và tháng 7/1995, được mở thêm Chi nhánh Đà Nẵng. Trong năm 2004, NHNN đã có văn bản chấp thuận cho VPBank được mở thêm 3 Chi nhánh mới đó là Chi nhánh Hà Nội trên cơ sở tách bộ phận trực tiếp kinh doanh trên địa bàn Hà Nội ra khỏi Hội sở; Chi nhánh Huế; Chi nhánh Sài Gòn. Trong năm 2005, VPBank tiếp tục được Ngân hàng Nhà nước chấp thuận cho mở thêm một số Chi nhánh nữa đó là Chi nhánh Cần Thơ; Chi nhánh Quảng Ninh; Chi nhánh Vĩnh Phúc; Chi nhánh Thanh Xuân; Chi nhánh Thăng Long; Chi nhánh Tân Phú; Chi nhánh Cầu Giấy; Chi nhánh Bắc Giang. Cũng trong năm 2005, NHNN đã chấp thuận cho VPBank được nâng cấp một số phòng giao dịch thành chi nhánh đó là Phòng Giao dịch Cát Linh, Phòng giao dịch Trần Hưng Đạo, Phòng giao dịch Giảng Võ, Phòng giao dịch Hai Bà Trưng, Phòng Giao dịch Chương Dương. Trong năm 2006, VPBank tiếp tục được NHNN cho mở thêm Phòng Giao dịch Hồ Gươm (đặt tại Hội sở chính của Ngân hàng) và Phòng Giao dịch Vĩ Dạ, phòng giao dịch Đông Ba (trực thuộc Chi nhánh Huế), Phòng giao dịch Bách Khoa, phòng Giao dịch Tràng An (trực thuộc Chi nhánh Hà Nội), Phòng giao dịch Tân Bình (trực thuộc Chi Nhánh Sài
Gòn), Phòng Giao dịch Khánh Hội (trực thuộc Chi nhánh Hồ Chí Minh), phòng giao dịch Cẩm Phả (trực thuộc CN Quảng Ninh), phòng giao dịch Phạm văn Đồng (trực thuộc CN Thăng long), phòng giao dịch Hưng Lợi (trực thộc CN Cần Thơ). Bên cạnh việc mở rộng mạng lưới giao dịch trên đây, trong năm 2006, VPBank cũng đã mở thêm hai Công ty trực thuộc đó là Công ty Quản lý nợ và khai thác tài sản AMC; Công ty Chứng Khoán VPBank.
Tính đến tháng 8 năm 2006, Hệ thống VPBank có tổng cộng 37 điểm giao dịch gồm có: Hội sở chính tại Hà Nội, 21 Chi nhánh và 16 phòng giao dịch tại các Tỉnh, Thành phố lớn của đất nước là Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh, Hải Phòng, Thừa Thiên Huế, Đà Nẵng, Cần Thơ, Quảng Ninh, Vĩnh Phúc; Bắc Giang và 2 Công ty trực thuộc. Năm 2006, VPBank mở thêm các Chi nhánh mới tại Vinh (Nghệ An); Thanh Hóa, Nam Định, Nha Trang, Bình Dương; Đồng Nai, Kiên Giang và các phòng giao dịch, nâng tổng số điểm giao dịch trên toàn Hệ thống của VPBank lên 50 chi nhánh và phòng giao dịch. Hiện tại VPBank đã có 135 Chi nhánh và Phòng giao dịch hoạt động trên khắp cả nước.