- Tốc độ triển khai dự án của các công ty phát triển hạ tầng còn chậm, nên nhiều nhà đầu tư vẫn phải “chờ” đất (ở KCN Sài Đồng A, KCN Phú Thị…). Trong 6 KCN tập trung thì chỉ có KCN Sài Đồng B alf có tiến độ triển khai nhanh và được coi là thành công với hình thức đầu tư cuốn chiếu.
- Hệ thống hạ tầng kỹ thuật trong và ngoài hàng rào chưa đồng bộ như: chưa có khu xử lý nước thải, chưa cung cấp đầy đủ cho doanh nghiệp sản xuất, hệ htóng
giao thông ngoài hàng rào không thuận tiện, việc cấp điện không ổn định… làm ảnh hưởng đến tiến độ hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp (Khu công nghiệp Vĩnh Tuy, Sài Đồng B…). Các KCN trên địa bàn Hà Nội hiện tại chỉ có KCN Thăng Long có hạ tầng kỹ thuật cả trong và ngoài hàng rào là tương đối hoàn chỉnh.
- Tổng diện tích đất công nghiệp có hạ tầng trên tổng số diện tích đất được qui hoạch vẫn còn thấp.
Môi trường đầu tư chưa đủ “hấp dẫn’ đối với các nha đầu tư đặc biệt là nhà đầu tư trong nước trong khi tình hình thu hút đầu tư nước ngoài còn mang tính tự phát. Khả năng cạnh tranh trong việc thu hút các dự án đầu tư vào các KCN còn thấp, thấp hơn khả năng thu hút đầu tư của các KCN trong các nước trong khu vực, thấp hơn cả khả năng thu hút đầu tư của nhiều KCN phía Nam (đặc biệt là các khu KCN của thành phố Hồ Chí Minh).
- Các dự án đầu tư vào các KCN ở Hà Nội rất nhỏ bé cả về qui mô và số lượng. Các dự án đầu tư nước ngoài chiếm đa số.
- Hoạt động sản xuất kinh doanh của các doanh nghiệp trong các KCN gặp nhiều khó khăn.
- Việc phát triển hạ tầng xã hội phục vụ sự phát triển KCN: vấn đề nhà ở và các công trình phúc lợi đảm bảo cho người lao động chưa được giải quyết. Đến nay, hầu hết các KCN ở Hà Nội đều chưa có khu tập thể cho công nhân, trừ những lao động tại địa phương còn lại đều phải đi thuê nhà ở. Các dịch vụ hỗ trợ khác cũng bị hạn chế: ngân hàng, giá điện dịch vụ cao, chưa có thông tin…