Nhưđã nói ở trên, CNTT có ảnh hưởng rất lớn đến tổ chức công tác kế toán trong một doanh nghiệp. Tuy nhiên việc ứng dụng CNTT vào công tác kế toán tại các DNVVN còn gặp nhiều trở ngại do những nguyên nhân sau:
- Do nhận thức của người quản lý : Họ cho rằng CNTT chưa phải là tác nhân chủ chốt trong hoạt động kinh doanh nên hầu hết các doanh nghiệp vẫn sử dụng phương thức sản xuất thủ công, và nếu có ứng dụng CNTT thì cũng chỉ dừng lại ở
Word, Excel; một số ít doanh nghiệp sử dụng phần mềm kế toán, quản lý nhân sự, các dịch vụ tư vấn, thiết kế website… Trong suy nghĩ của nhiều người chủ doanh nghiệp, họ chỉ xem việc đầu tư cho CNTT như là khoản đầu tư thêm chứ chưa phải là khoản đầu tư sinh lời nên họ không lập kế hoạch cho việc đầu tư này.
- Do thiếu tầm nhìn chiến lược về ứng dụng CNTT: Do không thấy được những lợi ích do CNTT mang lại nên phần lớn những người chủ doanh nghiệp không lập kế hoạch để đầu tư và phát triển hệ thống CNTT phục vụ cho công tác kế
toán. Điều này dẫn đến việc hệ thống CNTT đã lạc hậu nhưng không được đầu tư
kịp thời, không những không đáp ứng được yêu cầu của công tác kế toán mà đôi khi còn gây khó khăn trong xử lý kế toán.
- Do thiếu vốn: Sự hạn chế về khả năng tài chính luôn đặt doanh nghiệp đứng trước sự chọn lựa xem vấn đề nào cần ưu tiên giải quyết trước. Và việc đầu tư cho CNTT luôn được xếp hàng thứ yếu.
Song hiện nay, những hạn chế trên đã giảm đáng kể do sự phát triển vượt bậc của khoa học kỹ thuật và công nghệ nên ngày càng có nhiều sản phẩm CNTT chất lượng cao mà giá thành rẻđược thiết kếđể cung cấp cho các DNVVN như Accnet 2004, Fast Accounting 2006, Bravo 6.0, Effect… Bên cạnh đó, sự phát triển sôi
động của nền kinh tế thị trường đã dần dần hình thành một thị trường sản phẩm CNTT (cả phần cứng lẫn phần mềm) phù hợp với nhu cầu và khả năng tài chính của DNVVN. Do đó, việc sử dụng giải pháp mạng, mua những phần mềm kế toán hoặc
thuê viết một chương trình phần mềm kế toán phù hợp với yêu cầu của doanh nghiệp không còn xa lạ trong các DNVVN.