Trong mạng lưới hai lớp, một tín hiệu nhiễu được gọi là xuyên lớp nếu tác nhân xâm lược và hệ thống nạn nhân thuộc các lớp khác nhau của mạng. Ví dụ, sự biến dạng gây ra bởi một FAP (thành viên của lớp femtocell) tại đường xuống của một hoặc một số macrocells (thành viên của lớp macrocell) là một trường hợp rõ ràng về nhiễu xuyên lớp. Tương tự như vậy, nó cũng có thể được xem xét như nhiễu xuyên lớp nếu biến dạng gây ra bởi một người dùng macrocell (thành viên của lớp macrocell) ở đường lên của một FAP gần đó (thành viên của lớp femtocell).
Nhiễu xuyên lớp là một vấn đề đặc biệt trong CDMA đồng kênh khi triển khai mạng lưới hai lớp, do thực tế là cả femtocell và macrocells sử dụng cùng một băng tần số. Bên cạnh đó, do điều khiển công suất, công suất cao đột ngột truyền có thể gây ra sự xuất hiện của các vùng chết, do đó làm giảm tính khả thi của các mạng này. Những vấn đề chính gây ra bởi sự hiện diện của nhiễu xuyên lớp được trình bày trong hình 3.18 và giải thích trong các phần sau.
Hình 3.14. Các vấn đề chính gây ra bởi nhiễu xuyên lớp
Đối với nhiễu xuyên lớp đường lên CDMA có hai trường hợp. Khi người dùng Femtocell đóng vai trò là tác nhân xâm lược gây nhiễu lên người dùng Macrocell. Khi Femtocell hoạt động ở chế độ đóng thì điều này sẽ làm tăng tạp âm tại điểm truy cập Femtocell. Ngược lại, khi người sử dụng Macrocell là tác nhân xâm lược thì sẽ gây ra tạp âm tại các trạm cơ sở của Macrocell. Tưng tự như với CDMA, do OFDMA có sử dụng các kênh con nên nhiễu xuyên lớp đường lên sẽ gây nhiễu sóng mang tại FAP và có thể gây mất hiệu lực kênh con tại Macrocell.
Đối với nhiễu xuyên lớp đường xuống, cả CDMA và OFDMA đều gây ra lỗ hổng vùng phủ Femtocell. CDMA, gây ra cả lỗ hổng vùng phủ Macrocell. OFDMA, gây ra nhiễu xuyên sóng mang cho UE Macrocell.