Có ít nhất 15 loại vi khuẩn có thể là căn nguyên gây bệnh. Đƣợc thƣờng xuyên ghi nhận là Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae cả 3 loại này chiếm tỷ lệ là 80% các trƣờng hợp viêm màng não mủ. Tuy nhiên, mức độ mắc phải từng loại vi khuẩn tuỳ thuộc vào lứa tuổi, giới tính và yếu tố
thuận lợi cũng nhƣ tuỳ thuộc vào khu vực địa lý. Ngoài ra, điều kiện khí hậu, vệ sinh, mùa… cũng ảnh hƣởng đến tần số mắc bệnh của các căn nguyên.
– Haemophilus influenzae
Viêm màng não mủ do H. influenzae chiếm khoảng 45 – 48% tổng số bệnh nhân với tỷ lệ tử vong là 3 – 6%. H. influenzae là căn nguyên quan trọng nhất ở trẻ dƣới 6 tuổi, đặc biệt ở trẻ 6 – 12 tháng. Các yếu tố nguy cơ là viêm xoang, viêm tai giữa, viêm nắp thanh quản, viêm phổi, bệnh tiểu đƣờng, suy giảm miễn dịch sau khi cắt lách, chấn thƣơng đầu có thoát dịch não tủy.
– Neisseria meningitidis (não mô cầu)
Viêm màng não mủ do não mô cầu chiếm 14 – 20% tổng số bệnh nhân với tỷ lệ tử vong là 10 – 13%. N. meningitidis là căn nguyên phổ biến ở trẻ em và thanh niên. Căn nguyên này gồm nhiều nhóm, tất cả các nhóm đều có khả năng gây dịch. Tuy nhiên nhóm B thƣờng gây dịch lẻ tẻ, nhóm A và C thƣờng gây các vụ dịch lớn. Nhóm Y có thể có viêm phổi kết hợp. Yếu tố nguy cơ là bệnh nhân suy giảm phần cuối của bổ thể (C5, C6, C7, C9).
– Streptococcus pneumoniae (phế cầu)
Viêm màng não mủ do phế cầu chiếm 13 – 17% tổng số bệnh nhân với tỷ lệ tử vong là 19 – 26%. Phế cầu là căn nguyên chính ở ngƣời trƣởng thành và là một trong ba căn nguyên chính ở trẻ em.
– Listeria monocytogenes
Viêm màng não mủ do Listeria chiếm khoảng 2% các trƣờng hợp viêm màng não mủ với tỷ lệ tử vong là 22 – 29%. 90% các trƣờng hợp viêm màng não mủ do
Listeria là do các type Ia, Ib, VIb gây nên. Nhiễm Listeria monocytogenes hay gặp ở trẻ sơ sinh, trẻ bị ung thƣ, giảm miễn dịch, tiểu đƣờng, bệnh gan, thận. Phụ nữ mang thai có thể mang Listeria monocytogenes ở bộ phận sinh dục, trực tràng mà không có triệu chứng và truyền vi khuẩn cho con.
– Streptococcus agalactiae (liên cầu khuẩn)
Viêm màng não mủ do liên cầu khuẩn chiếm 3 – 6% tổng số bệnh nhân viêm màng não mủ với tỷ lệ tử vong là 12 – 27%. Liên cầu khuẩn nhóm B là nguyên nhân phổ biến ở trẻ sơ sinh. Khoảng 15 – 40% phụ nữ có thai có liên cầu khuẩn nhóm B trong trực tràng và âm đạo nhƣng không có triệu chứng. Nguy cơ truyền bệnh từ mẹ sang con tăng cao lên khi mẹ mắc bệnh. Bệnh có thể truyền từ tay nữ hộ sinh đến đứa
trẻ. Hầu hết các ca nhiễm khuẩn S. agalactiae gây ra bởi type III và xuất hiện ngay sau tuần đầu.
– Trực khuẩn Gram âm hiếu khí
Các loài vi khuẩn này (Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa…) đang trở thành căn nguyên quan trọng với tỷ lệ tử vong tƣơng đối cao. Bệnh hay gặp sau chấn thƣơng đầu, phẫu thuật thần kinh, trẻ sơ sinh, bệnh nhân có vấn đề về miễn dịch và nhiễm khuẩn huyết Gram âm.
– Staphylococci (tụ cầu)
Tỷ lệ tử vong của viêm màng não mủ do tụ cầu từ 14 – 77%. S. epidermidis là căn nguyên chủ yếu ở bệnh nhân có lỗ thông dịch não tủy. Tụ cầu vàng (S. aureus) thƣờng gặp trong giai đoạn sớm sau phẫu thuật thần kinh, hoặc sau chấn thƣơng có rò dịch não tủy. Các điều kiện thuận lợi khác gồm: tiểu đƣờng, suy thận có thấm phân máu và u ác tính.
– Những vi khuẩn khác
Các điều kiện thuận lợi cho viêm màng não mủ do Nocardia spp nhƣ dùng thuốc miễn dịch, u ác tính, chấn thƣơng đầu và hệ thần kinh trung ƣơng, mụn mủ viêm mãn tính, bệnh sarcom. Viêm màng não mủ do vi khuẩn kỵ khí thƣờng có điều kiện nhƣ: viêm tai, viêm xoang, viêm họng, áp xe não, nhiễm khuẩn vết thƣơng sau chấn thƣơng và sau phẩu thuật thần kinh.