Năm 1990, Compton đã sử dụng các oligonucleotide có chiều dài 14 nucleotide có khoảng 4 - 5 điểm thoái hoá nhƣ những primer xuôi và ngƣợc trong phản ứng khuếch đại in vitro (PCR) đối với gene mã hoá glycoprotein B (gB) từ các loài
Theo đó, một chiến lƣợc đƣợc đƣa ra để định vị và phân lập những gene liên quan đến tính kháng là sử dụng kỹ thuật khuếch đại in vitro (PCR) với primer thoái hoá đƣợc thiết kế dựa trên những motif bảo tồn của các gene kháng đã biết, đặc biệt là vùng NBS. Những trình tự sau khi clone đƣợc sử dụng cho các phân tích tiếp theo với mục đích phát hiện những marker chuyên biệt cho tính kháng của từng loài. Mặt khác, việc phân tích trình tự và so sánh với cơ sở dữ liệu các loại gene kháng cho phép đánh giá đƣợc độ đa dạng di truyền cũng nhƣ sự tiến hoá của gene kháng trên đối tƣợng thực vật nghiên cứu. Các marker kháng còn rất hữu ích trong việc lập bản đồ những loci liên quan đến tính kháng và bổ sung thêm marker cho bản đồ di truyền. Chiến lƣợc này đã đƣợc áp dụng khá hiệu quả và đã đạt đƣợc nhiều kết quả trên nhiều đối tƣợng thực vật khác nhau:
Yu và cs. (1996) đã thiết kế những cặp primer trên cơ sở vùng NBS của gene kháng N và RPS2 để khuếch đại nhiều lần thể orthologs (thể tƣơng đồng chính thống) của gene này trong đậu nành. Tác giả đã thu đƣợc 11 lớp (class) của chuỗi mã di truyền, đại diện cho một họ NBS. Trong số đó, 5 lớp đã đƣợc lập bản đồ gene kháng bệnh gây ra bởi polyvirus trên đậu nành.
Áp dụng phƣơng pháp tƣơng tự, Kanazin và cs. (1996) đã xác định đƣợc 9 lớp analog của gene kháng và lập bản đồ nhiều lớp định vị bên những gene kháng đã đƣợc biết trƣớc đó ở đậu nành. Leister và cs. (1996) đã xác định đƣợc loci của những gene kháng ứng với gene Gro1 (kháng tuyến trùng) và R7 (kháng bệnh héo rũ) trên khoai tây. Các tác giả trên đã sử dụng một quy trình gần nhƣ tƣơng tự .(xem Hình 2.11)
Hình 2.11. Tiến trình nghiên cứu tính kháng thực vật có sử dụng phƣơng pháp PCR thoái hoá.