Đứng đầu Cụng ty là Tổng Giỏm đốc Cụng ty do Bộ trưởng Bộ Thương mại bổ nhiệm hoặc miễn nhiệm. Tổng giỏm đốc tổ chức điều hành mọi hoạt động của Cụng ty, chịu trỏch nhiệm cỏ nhõn trước phỏp luật và cơ quan quản lý nhà nước về mọi hoạt động của Cụng ty.
Bộ mỏy tổ chức của Cụng ty tuõn theo chế độ một thủ trưởng cú quyền hạn và nhiệm vụ theo qui định tại quyết định số 217/HĐBT và qui định của Bộ về phõn cấp quản lý toàn diện của Cụng ty.
Giỳp việc cú hai phú Tổng giỏm đốc, trong đú cú một Phú Tổng Giỏm đốc thứ nhất. Cỏc phú Giỏm đốc do Tổng Giỏm đốc đề nghị và được thủ trưởng cơ quan chủ quản là Bộ thương mại bổ nhiệm hoặc miễn nhiệm.
Mỗi một phú Tổng giỏm đốc được phõn cụng phụ trỏch một hoặc một số lĩnh vực cụng tỏc của Cụng ty và chịu trỏch nhiệm trước Tổng giỏm đốc về cụng việc được giao. Trong trường hợp Tổng giỏm đốc vắng mặt thỡ phú Tổng giỏm đốc thứ nhất là người thay mặt Tổng giỏm đốc điều hành mọi hoạt động của Cụng ty.
Cơ cấu tổ chức bộ mỏy của Cụng ty, nhiệm vụ, quyền hạn của cỏc đơn vị và bộ phận trực thuộc Cụng ty cũng như mối quan hệ cụng tỏc giữa cỏc đơn vị và bộ phận núi trờn do Tổng giỏm đốc qui định cụ thể cho phự hợp với tỡnh hỡnh thực tế của từng năm, từng giai đoạn nhất định, bảo đảm cho sự tồn tại và hoạt động hiệu quả của Cụng ty.
Hiện nay Cụng ty cú cỏc khối phũng ban như sau:
+ Khối kinh doanh dịch vụ: Bao gồm cỏc phũng ban cú chức năng kinh doanh nhằm tự trang trải và nuụi sống cỏc cỏn bộ văn phũng Cụng ty.
+ Khối quản lý: Cỏc phũng ban trong khối cú nhiệm vụ giỳp Tổng giỏm đốc trong cụng tỏc quản lý mọi hoạt động của Cụng ty, đặc biệt là phũng hành chớnh quản trị.
- Phũng Tổ chức cỏn bộ: Giỳp Tổng giỏm đốc trong tuyển dụng nhõn viờn, thi hành, thực hiện cỏc chớnh sỏch chế độ của nhà nước. Giỏm sỏt cụng việc của cỏn bộ cụng nhõn viờn.
- Phũng tổng hợp: Tổng hợp cỏc số liệu kinh doanh hàng thỏng của Cụng ty theo dừi thực hiện kế hoạch quản lý tài chớnh. Đề ra cỏc kế hoạch hoạt động tài chớnh trong tương lai.
- Phũng hàng khụng: Tổ chức kinh doanh giao nhận vận tải bằng đường hàng khụng.
- Phũng vận tải quốc tế, phũng giao nhận vận tải và phũng chuyển tải: Là những bộ phận trực tiếp thực hiện nhiệm vụ giao nhận vận tải hàng hoỏ.
- Phũng cụng trỡnh: cú chức năng vận chuyển, lắp đặt toàn bộ những hàng hoỏ, thiết bị cụng trỡnh xõy dựng từ nước ngoài vào Việt nam.
-Phũng triển lóm: Vận tải hàng hoỏ phục vụ cho cỏc hội chợ triển lóm ở trong và ngoài nước.
- Phũng maketing: Đi giao dịch, quảng cỏo và tỡm nguồn hàng về cho cỏc phũng ban thực hiện giao nhận vận tải, đồng thời cũng thực hiện cỏc nhiệm vụ do phũng maketing được theo phương ỏn kinh doanh được lónh đạo phờ duyệt.
- Phũng xuất nhập khẩu: Khai thỏc dịch vụ xuất nhập khẩu trực tiếp và nhận uỷ thỏc xuất nhập khẩu hàng hoỏ của cỏc chủ hàng, làm cỏc thủ tục giấy tờ để hàng hoỏ cú thể vận chuyển qua biờn giới, cửa khẩu.
- Kho Yờn Viờn: nhận lưu trữ, bảo quản hàng hoỏ để thu lệ phớ lưu kho. Ngoài ra cũn nhận đúng hàng và tỏi chế hàng hoỏ.