Tuy SMS rất phổ biến, nhưng không phải là nó không có các nhược điểm, dưới
đây là một số nhược điểm của nó.
Bạn chỉ có gửi các tin nhắn dạng văn bản không thểđính kèm các file âm thanh hoặc hình ảnh ( sau này được phát triển bằng EMS ).
Các bản tin bị giới hạn bởi kích cỡ. Một bản tin SMS không thể tồn tại lớn hơn 160 ký tự. Đối với các bản tin dài hơn 160 ký tự, tự động mạng sẽ tách nó ra thành nhiều Segment để gửi đi, mỗi Segment là một bản tin. Và nhiệm vụ của các trung tâm là sẽ xem xét, đánh dấu để gửi các bản tin đi sao cho khi đến máy thì máy có thể tự động lắp ghép lại thành một bản tin hoàn chỉnh (vấn đề hạn chế về kích cỡ đã được giải quyết bằng MMS).
Có nhiều giao thức độc quyền được sử dụng bởi nhà cung cấp dịch vụ SMS và nhà phát triển dịch vụ cần cho các interface để tạo nên các ứng dụng cần thiết vì vậy sẽ
có sự khác nhau giữa các trung tâm SMS, dẫn đến việc khó khăn trong giao tiếp giữa các trung tâm này.
Đơn vị dữ liệu giao thức SMS được xác định trong GSM 03.40, tuy nhiên chúng không có hiệu quả lắm. Sự khác nhau giữa các trường header trong PDU được cốđịnh.
Tốc độc truyền dữ liệu thấp, có độ trễ cao. GPRS và USSD cung cấp tốc độ
truyền dữ liệu cao hơn và độ trễ thấp hơn so với SMS. Điều này là bởi vì SMS sử dụng kênh báo hiệu tốc độ chậm, MMS sau này được sử dụng các kênh dữ liệu, vì vậy tốc
độ truyền cao hơn.
Việc lưu trữ và chuyển tiếp các bản tin SMS một cách tự nhiên sẽ rất hữu ích cho SMS tuy nhiên nó lại là một điểm bất lợi khi phát triển kĩ thuật WAP.