Bên cạnh những mặt đã làm được ở trên của công ty thì vẫn còn tồn tại những hạn chế sau:
- Thứ nhất: Cơ cấu bộ máy quản lý của toàn công ty nói chung cũng như phòng kế toán nói riêng còn chưa thực sự hợp lý. Do vậy mà không phát huy hết những tiềm lực vốn có của công ty.
- Thứ hai: Bước sang thế kỷ 21 thế kỷ của công nghệ thông tin đòi hỏi các doanh nghiệp phải bắt kịp những thông tin thị trường. Vì vậy đòi hỏi các công ty phải hiện đại hóa mạng lưới thông tin. Trên thực tế công ty Thương mại và Du lịch Hồng Trà chưa đáp ứng yêu cầu này. Hệ thống máy tính của công ty còn quá nghèo nàn, công ty chưa áp dụng phần mềm kế toán vào công ty hoạch toán vì lý do biên chế của phòng kế toán là sự chắp ghép của nhiều phòng ban khác nhau độ tuổi của cán bộ kế toán đã cao, trình độ chuyên môn hạn chế, rất ái ngại trong việc áp dụng tiến bộ khoa học.
- Thứ ba: Việc lập chứng từ ghi sổ chưa thực sự cung cấp thông tin kịp thời cho công tác quản trị kế toán cũng như công tác quản lý toàn công ty.
Thứ tư: Việc tính toán lương và trả lương của cán bộ công nhân viên vẫn chưa khuyến khích tinh thần làm việc của cán bộ công nhân trong công ty. Đôi khi công nhân sản xuất trực tiếp có lỗi nhỏ thì công ty áp dụng hình thức “phạt” đã làm cho tình cảm của cán bộ công nhân với công ty chưa thực sự trung thành.