Trong thời gian đầu áp dụng thuế GTGT, thủ tục hoàn thuế rất phức tạp nên tiến độ hoàn thuế chậm, gây khó khăn cho nhiều doanh nghiệp, đặc biệt là những doanh nghiệp đầu tư, mua sắm tài sản cố định với khối lượng lớn. Nguyên nhân của tình hình trên một phần do doanh nghiệp chưa làm đúng thủ tục, một phần do cơ quan thuế chưa quen, văn bản hướng dẫn lại chưa rõ ràng. Trước tình hình đó, Bộ tài chính đã có các văn bản bổ xung là hoàn thuế trước kiểm tra sau và phải xử lý nghiêm những trường hợp vi phạm. Các văn bản này đề cao trách nhiệm và quyền lợi của các doanh nghiệp, của người nộp thuế trong việc hoàn thuế GTGT.
Tuy nhiên vấn đề hoàn thuế vẫn còn nhiều bấp cập về thủ tục cũng như thời gian hoàn thuế. Cần đề cao hơn nữa trách nhiệm của cơ sở trước những hồ sơ xin được hoàn thuế và tăng cường kiểm tra, thanh tra của cơ quan thuế.
3.2.4. Về công tác thanh tra kiểm tra thuế và công tác quản lý nợ thuế GTGT GTGT
Cần đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra thuế hơn nữa kể cả thanh tra kiểm tra nội bộ ngành; tổng kết công tác thanh tra, kiểm tra hàng năm, từ đó thu thập thông tin, phân loại doanh nghiệp, lựa chọn những doanh nghiệp có rủi ro về thuế, các doanh nghiệp có quy mô lớn để tập trung kiểm tra trước theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế. Kiện toàn tổ chức hệ thống thanh tra từ Cục thuế đến các Chi cục thuế, nâng cao năng lực, chất lượng cán bộ làm công tác thanh tra, kiểm tra, quan tâm tổ chức đào tạo và đào tạo lại; bồi dưỡng kiến thức kế toán; đào tạo kỹ năng thanh tra, kiểm tra thuế cho tất cả các công chức thanh tra, kiểm tra thuế trong toàn ngành. Tích cực phối hợp với các ngành, cơ quan pháp luật, xây dựng quy chế và
phối hợp chặt chẽ với cơ quan Công an để đẩy mạnh đấu tranh với các hành vi buôn lậu, gian lận thương mại; hàng giả, trốn thuế, lậu thuế; các hoạt động buôn bán và sử dụng hoá đơn bất hợp pháp, các doanh nghiệp có thuế GTGT âm liên tục, hoặc doanh nghiệp có doanh thu lớn nhưng số thuế nộp không tương xứng; kê khai lỗ liên tục, nợ thuế kéo dài nhưng vẫn mở rộng kinh doanh.
Đối với công tác quản lý nợ thuế cần tổ chức theo dõi, giám sát chặt chẽ thường xuyên sự biến động của các khoản nợ. Thực hiện nghiêm túc việc phạt chậm nộp, tổ chức triển khai các biện pháp cưỡng chế thu hồi nợ đọng