Bên cạnh những kết quả đã đạt được, công tác quản lý thuế GTGT còn có các vấn đề tồn tại chủ yếu sau cần được giải quyết trong thời gian tới:
- Luật thuế GTGT còn nhiều bất cập trong việc quy định đối tượng chịu thuế, không chịu thuế và sự phân biệt không rõ ràng giữa các mức thuế suất áp dụng cho từng đối tượng chịu thuế, cùng một loại hàng hoá nhưng lại chịu 2 mức thuế suất khac nhău, việc tính thuế theo hai cách là khấu trừ và
trực tiếp dẫn đến tình trạng cùng một mặt hàng kinh doanh nhưng số thuế nộp không bằng nhau, gây ra sự bất bình đẳng giữa các đối tượng nộp thuế - Hiện nay hoá đơn bất hợp pháp đa dạng và phong phú chưa từng có và trở thành hàng hoá được mua bán công khai. Vấn đề này đã làm đau đầu cơ quan thuế hơn bao giờ hết. Trước đây khi thực hiện thuế doanh thu sử dụng hoá đơn giả, chỉ có thể ăn gian thuế trên số hàng bán ra, còn bây giờ, với hoá đơn giả, Nhà nước không những không thu được đồng nào mà ngược lại còn phải chi thêm để hoàn thuế.
Bên cạnh đó, việc sử dụng hoá đơn bất hợp pháp tạo ra sự cạnh tranh không lành mạnh giữa các doanh nghiệp. Doanh nghiệp nào không trốn thuế được sẽ mất dần sức cạnh tranh, những cơ sở trốn thuế sẽ có điều kiện hạ giá thành sản phẩm để cạnh tranh. Hậu quả là những doanh nghiệp làm ăn chân chính bị thua thiệt, sân chơi giữa các doanh nghiệp trở nên bất bình đẳng. Nếu tình trạng này không được ngăn chặn và xử lý kịp thời sẽ làm cho nguồn Ngân sách bị thâm hụt một khoản rất lớn và tác động tiêu cực đến nền kinh tế nước ta, làm giảm hiệu lực của luật thuế
- Quá trình thủ tục xin hoàn thuế khá rắc rối, mất nhiều thời gian và công sức của các doanh nghiệp. Để được hoàn thuế, các doanh nghiệp phải nộp hồ sơ và toàn bộ hoá đơn, chứng từ lên cơ quan thuế rồi chờ nhân viên thuế xuống đơn vị kiểm tra, đối chiếu hoá đơn thực hiện băng phương pháp thủ công, kéo dài thời gian kiểm tra làm chậm việc hoàn thuế, bên cạnh đó còn nhiều hiện tượng tiêu cực khác cũng gây thêm khó khăn cho doanh nghiệp. - Việc tổng hợp, đánh giá công tác thanh tra kiểm tra toàn ngành chưa làm thường xuyên, tính chỉ đạo chưa đồng bộ; công tác tập huấn, trao đổi, toạ đàm trong nội bộ ngành thực hiên chưa được nhiều. Chất lượng thanh tra các doanh nghiệp còn hạn chế, chưa kiên quyết đôn đốc thực hiện các quyết định kết luận sau thanh tra, kiểm tra đối với một số nội dung không nghiêm túc chấp hành. Công tác thanh tra, kiểm tra thuế trên cơ sở thu
thập, phân tích thông tin, đánh giá rủi ro theo quy định của luật quản lý thuế còn lúng túng, nhất là ở các cấp chi cục thuế, nên kết quả thu còn thấp - Kết quả thực hiện công tác quản lý nợ thuế trước khi Luật Quản lý thuế có hiệu lực ở nhiều đơn vị còn chưa chặt chẽ, phân tán do đó không kiểm soát được số thuế chính xác, phân loại các khoản nợ chưa kịp thời, chưa cương quyết áp dụng các biện pháp xử phạt; chưa tổ chức cưỡng chế nợ thuế, việc thông báo trên các phương tiện thông tin đại chúng các trường hợp nợ đọng nhiều, có khả năng tài chính, nhưng không chấp hành nghĩa vụ với nhà nước, chưa được thường xuyên và chưa thực hiện việc chuyển hồ sơ người nộp thuế vi phạm sang cơ quan pháp luật để khởi tố. Hiệu quả hoạt động của bộ phận quản lý nợ thuế toàn ngành còn hạn chế
- Công tác tuyên truyền, hỗ trợ người nộp thuế trong thời gian qua đã được nâng cao, song chưa đáp ứng yêu cầu của công tác quản lý thuế mới. Một bộ phận người nộp thuế chưa thực sự tự giác tính đúng, tính đủ số thuế phải nộp, nộp đúng, nộp đủ số thuế kê khai. Các hội nghị đối thoại nội dung chưa phong phú, hình thức chưa thực sự hấp dẫn , chưa nắm được nhu cầu cần hỗ trợ nên nhận thức của một số đối tượng còn hạn chế, sự tuân thủ các quy định của cơ quan Thuế ở một số Doanh nghiệp còn chưa nghiêm, đôi khi phải áp dụng các biện pháp cưỡng chế, xử phạt.