Để kiểm tra kích thước thực tế của đoạn DNA được nối vào vector, chúng tôi đã tiến hành phân tích các mẫu DNA plasmid nói trên bằng phương pháp xử lý với enzyme giới hạn. Vector pJET1.2 có chứa điểm nhận biết enzyme XhoI ở phía bên trái và điểm nhận biết enzyme XbaI ở phía bên phải của vị trí ghép nối gen, tuy nhiên trong nghiên cứu này chúng tôi không dùng enzyme XhoI và XbaI như thường lệ mà dùng enzyme HindIII và NotI để kiểm tra đoạn gắn vì trong trình tự của đoạn promoter có các điểm nhận biết hai enzym hạn chế này. Qua đó, chúng tôi đã chọn được 3 dòng pJETSpUbip số 1, 4 và 5 với đoạn cắt kiểm tra bằng khoảng 1,3 kb và 3 dòng pJETSpUbipin số 14, 16 và 21 với đoạn cắt kiểm tra bằng khoảng 2,3 kb (hình3.5 A). Các dòng này lại được tiếp tục kiểm tra bằng các enzym hạn chế HincII và PstI bên trong đoạn này.
Hình 3.5. Điện di sản phẩm xử lý DNA plasmid bằng enzyme
A. Plasmid số 1, 4, 5 pJETSpUbip và số 4 pJETSpUbipin cắt bằng HindIII và NotI.
B. Plasmid số 14, 16, 21 pJETSpUbipin cắt bằng HincII. C. Plasmid số 14, 16, 21 pJETSpUbipin cắt bằng PstI
Các dòng pJETSpUbip, pJETSpUbipin đều có một điểm cắt của HincII tạo thành băng tương ứng khoảng 4 kb và 5 kb (hình 3.5 B). Hai điểm cắt của PstI (pJET1.2 có điểm cắt ở vị trí 158) ở các dòng pJETSpUbip đều cho hai băng 3,3 và 0,8 kb, còn pJETSpUbipin cho hai băng khoảng 4,2 kb và 0,8 kb (hình 3.5 C). Như vậy, kết quả kiểm tra các vị trí của enzym cắt hạn chế có thể dự đoán về đoạn gắn chính là đoạn chúng tôi cần tìm.