* Nguyên tắc
Nguyên tắc của phương pháp điện di dựa vào đặc tính cấu trúc của các nucleic acid. Nucleic acid là các đại phân tử tích điện âm, nên dưới tác động của dòng điện một chiều các đoạn DNA có khối lượng và kích thước khác nhau sẽ di chuyển trong điện trường từ cực âm sang cực dương.
* Hóa chất
Agarose 0,8% (Hòa 0,8 g agarose trong 100 ml dung dịch đệm TAE 1X);
Đệm TAE 10mM 1X; EtBr 10 µg/ml; Đệm tra mẫu (glycerol 20%; Tris-HCl 0,1 M, pH 8,0; EDTA 0,01 M, pH 8,0; bromophenol blue 0,25%).
* Quy trình
- Agarose 0,8% được đun sôi, để nhiệt độ hạ xuống khoảng 50 - 600C, đổ dung dịch agarose vào khay gel đã cài sẵn răng lược thích hợp. Sau 30 - 60 phút, khi gel đã đông cứng, tháo răng lược, đặt khay gel vào bể điện di. Đổ đệm TAE 1X ngập cách mặt gel ~ 2 mm.
- Tra mẫu: Mẫu DNA trộn cùng với đệm tra mẫu theo tỷ lệ thích hợp, tra mẫu vào các giếng trên bản gel.
- Tiến hành điện di với dòng điện 1 chiều có hiệu điện thế 100 V, cường độ dòng điện 60-80 mA, quan sát sự di chuyển của vệt màu bromophenol blue để ngừng vào thời gian phù hợp (thường sau khoảng 30 phút).
- Nhuộm DNA bằng ethidium bromide (EtBr): Bản gel được lấy ra khỏi khuôn và ngâm vào dung dịch EtBr nồng độ 10 g/ml trong thời gian 20 phút trên máy lắc nhẹ. Sau đó rửa sạch bản gel bằng nước cất.
- Quan sát và chụp ảnh: Gel được quan sát dưới ánh sáng tử ngoại. Quan sát thấy DNA hiện lên dưới dạng các vạch sáng. Ảnh điện di được chụp trên máy Bio- Rad với tia UV có bước sóng 320 nm