Bộ máy tổ chức lãnh đạo của SGD gồm 1 Giám đốc, 2 Phó giám đốc và khoảng hơn 600 nhân viên. Hiện nay, SGD có 22 phòng giao dịch phân bố trên địa bàn Hà Nội. Chi tiết các phòng ban tại SGD NHNT như sau:
* Phòng ngân quĩ: Quản lý trực tiếp và bảo quản tiền VNĐ, ngân phiếu thanh toán, các loại ngoại tệ, các chứng từ có giá, hồ sơ thế chấp, cầm cố và kí quĩ theo chế độ quản lý kho quỹ trong hệ thống NHNT hiện hành.
* Phòng tổ chức nhân sự: Chức năng thực hiện công tác tổ chức bộ máy, công tác cán bộ và tham mưu cho Ban giám đốc trong công tác quản lý tổ chức, nhân sự, quy hoạch đào tạo và đề bạt cán bộ.
* Phòng bảo lãnh: Đây là phòng thực hiện các nghiệp vụ BL và tái BL như: BL vay vốn, BL tham gia dự thầu…
* Phòng đầu tư dự án: Phòng này chủ yếu đáp ứng nhu cầu trung và dài hạn của khách hàng, có nhiệm vụ xây dựng giới hạn tín dụng, tư vấn hỗ trợ khách hàng, phân tích hồ sơ vay vốn có thời hạn trên 1 năm.
* Phòng tín dụng trả góp và tiêu dùng: Đối tượng khách hàng là thể nhân, có nhu cầu vay vốn nhằm cải thiện đời sống. Hiện nay, SGD đang thực hiện cho vay mua nhà, ô tô trả góp, cho vay đối với cán bộ công nhân viên…
* Phòng tín dụng DNVVN: Đối tượng là các DNVVN - một bộ phận đông đảo trong nền kinh tế. Phòng thực hiện các nghiệp vụ: Cho vay chiết khấu, cho vay thu mua hàng hoá, thanh toán lương, thanh toán tiền hàng nhập khẩu, cấp tín dụng mua nguyên vật liệu, mở L/C ( L/C kí quĩ)….
* Phòng quản trị rủi ro: Khách hàng của phòng là các doanh nghiệp có nhu cầu vay vốn từ 10 tỷ đồng trở nên, có chức năng: phân tích, đánh giá hồ sơ vay vốn có thời hạn từ 1 năm trở nên.
* Phòng quản lý nợ: Phòng có chức năng quản lý và theo dõi quá trình sau khi cấp tín dụng đối với các doanh nghiệp có tín dụng ngân hàng từ 10 tỷ đồng trở nên.
* Phòng quan hệ khách hàng: là phòng thực hiện quản lý tất cả các khách hàng của SGD. Điều này có ý nghĩa rất quan trọng trong phân loại khách
hàng, chấm điểm tín dụng có liên quan trực tiếp đến quan hệ tín dụng lâu dài hay chấm dứt của ngân hàng với doanh nghiệp.
* Phòng thanh toán nhập khẩu: Thực hiện các công tác thanh toán quốc tế hàng nhập khẩu và dịch vụ đối ngoại liên quan tới hàng nhập khẩu.
* Phòng thanh toán xuất khẩu: Thực hiện các công tác liên quan tới hàng xuất khẩu và các dịch vụ liên quan tới hàng xuất khẩu.
* Phòng kế toán tài chính: Chịu trách nhiệm thực hiện chế độ kế toán tài chính, chế độ báo cáo kế toán và hạch toán kế toán, theo dõi và quản lý chi tiêu tài chính, mua sắm tài sản, hạch toán và quản lý quỹ tiền lương, tiền thưởng và các quỹ khác. Do đặc trưng trong hoạt động huy động tiền gửi ngân hàng là trích tỷ lệ dự trữ bắt buộc nên phòng cũng có chức năng hạch toán theo dõi tình hình dự trữ bắt buộc….
* Phòng hối đoái: Phòng này có chức năng quản lý hồ sơ thông tin tài khoản, thông tin khách hàng, quản lý và thực hiện các nghiệp vụ liên quan tới tiền tệ, thanh toán đối ngoại với khách hàng là các cá nhân, thực hiện chuyển tiền trong nước của khách hàng là các cá nhân.
* Phòng vốn và ngoại tệ: Thực hiện kinh doanh, mua bán, chuyển đổi ngaọi tệ, kinh doanh tiền gửi, tiền vay…
* Phòng tiết kiệm: Chức năng chính là huy động vốn tiết kiệm, kỳ phiếu, trái phiếu, chứng chỉ tiền gửi bằng VNĐ và ngoại tệ.
* Phòng thanh toán thẻ: là phòng phát hành và thanh toán thẻ tín dụng quốc tế, thẻ ATM, Connect 24… đồng thời tiếp cận khách hàng, quảng bá sản phẩm, và phát triển mạng lưới thanh toán thẻ.
Ngoài ra, SGD còn bao gồm một số phòng ban khác như: Phòn tin học, phòng hành chính quản trị…. thực hiện các nhiệm vụ được phân công.