Sau khi chọn khuẩn lạc trắng tƣơng ứng với các giếng sản phẩm colony-PCR có kích thƣớc nhƣ mong muốn và nuôi trong 3ml LB lỏng trong 16 giờ, chúng tôi tiến hành tách plasmit theo bộ kit QIAprep Spin Miniprep nhƣ đã trình bày ở mục 2.3.8. Để kiểm tra sản phẩm tách plasmit và khẳng định một lần nữa sự có mặt của đoạn DNA quan tâm trong plasmit đã đƣợc tinh sạch, plasmit đƣợc cắt bằng enzym cắt BamHI. Kết quả đƣợc thể hiện trong hình 3.7 và 3.8.
Hình 3.7: Điện di sản phẩm cắt plasmit mang phân đoạn 1 và 4 của RGSV tại Bình Thuận bằng BamHI
M: Thang chuẩn 100 bp; 1. phân đoạn 1; 2. phân đoạn 4.
Hình 3.7 cho thấy các giếng số 1, 2 đều xuất hiện 2 băng trong đó 1 băng có kích thƣớc khoảng 2,7 Kb phù hợp với kích thƣớc của vectơ pBT. Băng còn lại lần
0,5 Kb ~ 2,7 Kb
lƣợt có kích thƣớc khoảng 423bp (giếng số 1) và băng có kích thƣớc khoảng 441bp (giếng số 2) phù hợp với kích thƣớc phân đoạn 1 và 4 của RGSV đã gắn vào vectơ ban đầu.
Hình 3.8. Điện di sản phẩm cắt plasmit mang gen CP của RGSV bằng BamHI.
M: Thang chuẩn 1Kb; (-): Plasmit không cắt (1): BT; (2): NT;
Kết quả điện di sản phẩm cắt plasmit mang gen CP của RGSV bằng BamHI (Hình 3.8) cho thấy, các giếng plasmit không cắt chỉ xuất hiện 1 băng có kích thƣớc khoảng 3,7Kb chứng tỏ plasmit đã tinh sạch và có chất lƣợng tốt. Các giếng số 1, 2 đều xuất hiện 2 băng: một băng có kích thƣớc khoảng 2,7Kb phù hợp với kích thƣớc của vectơ pBT và một băng có kích thƣớc khoảng 1Kb phù hợp với kích thƣớc đoạn DNA mong muốn.
Kết quả điện di sản phẩm cắt plasmit trong hình 3.7 và hình 3.8 khẳng định plasmit đã tinh sạch, có mang những đoạn DNA phù hợp với kích thƣớc mong muốn. Sau đó, các mẫu plasmit này đƣợc sử dụng để giải trình tự bằng máy xác định trình tự tự động ABI PRISM 3100 Avant Genetic Analyzer.