Trong quá trình sản xuất ngô, khả năng xẩy ra hạn thường cao hơn ở thời kỳ đầu vụ và cuối vụ dẫn đến ngô mọc kém đồng đều hoặc hạt không nẩy mầm được làm giảm mật độ. Hạn ảnh hưởng đến năng suất hạt của ngô thông qua tất cả các quá trình sinh trưởng của cây ngô, nhưng thời kỳ mẫn cảm nhất là thời kỳ ra hoa và hình thành hạt. Trong thời kỳ ra hoa nếu hạn xẩy ra nghiêm trọng ngô có thể không cho thu hoạch (Denmead and Shaw, 1960) [27].
Hạn làm giảm mạnh nhất đến quá trình sinh trưởng của lá, thân, râu, rễ, kích thước hạt. Khi hạn lá bị già hoá, giảm mức độ che phủ đất, giảm diện tích bộ phận hấp thu ánh sáng mặt trời.
trưởng không phân hoá, hoặc ảnh hưởng nặng tới quá trình phân hoá bắp và cờ dẫn tới năng suất giảm.
Hạn nặng khi thụ phấn - kết hạt làm giảm sự vận chuyển các chất đồng hoá về các cơ quan sinh trưởng, giảm sự sinh trưởng của râu, làm chậm hoặc không phun râu được, tăng sự chênh lệch giữa tung phấn - phun râu. Nặng hơn là xẩy ra tình trạng cây không có bắp hoặc bắp ít hạt.
Cấu trúc sinh sản hoa cái bị ảnh hưởng nhiều hơn là bông cờ. Nhưng khi nhiệt độ vượt quá 380C xẩy ra hiện tượng cháy bông cờ. Trong giai đoạn trỗ cờ phun râu nếu gặp hạn, nhiệt độ không khí > 350C, độ ẩm không khí <70% thì hạt phấn bị chết dẫn đến ngô không hạt (Nguyễn Đức Lương, Dương Văn Sơn, Lương Văn Hinh, 2000) [11]. Khả năng và tốc độ kéo dài của vòi nhuỵ rất nhậy cảm với sự thiếu nước, tế bào non của vòi nhuỵ là bộ phận dễ thoát hơi nước hơn tất cả các bộ phận khác, vì vậy sẽ bị héo nhanh nhất khi hạn không khí và hạn đất diễn ra (Herrero and Johnson 1981) [35]. Ngoài ra năng suất ngô giảm còn có thể do hạt phấn bị chết khi gặp hạn và nhiệt độ cao, hạn hán ảnh hưởng đến quá trình quang hợp của cây dẫn đến quá trình phun râu bị đình trệ và điều này có thể xác định dễ ràng thông qua việc theo dõi khoảng cách tung phấn phun râu. Khoảng cách tung phấn phun râu trong điều kiện đầy đủ nước có thể là 2 - 4 ngày nhưng khi gặp hạn khoảng cách này có thể kéo dài 13 ngày. Một số tác giả cho rằng khi gặp hạn ASI tăng, năng suất giảm là do hạt phấn bị thiếu, không đủ để thụ tinh cho nhuỵ của hoa cái hoặc do hạt phấn bị chết ở nhiệt độ cao (Hall và Cộng sự, 1982) [34]. Giữa ASI và số bắp, số hạt trên cây có mối quan hệ rất chặt chẽ, nếu ASI tăng thêm 1 ngày thì lượng hạt trên cây sẽ bị ảnh hưởng trực tiếp và không có kết quả mong đợi nếu khả năng sản xuất hạt phấn giảm 80% và khoảng cách tung phấn phun râu lớn hơn 8 ngày (Banzinger, 2000) [20].
Một lượng lớn năng suất giảm là do ngô gặp hạn trong giai đoạn ra hoa, sự giảm năng suất này liên quan đến số bắp trên cây, số hạt trên bắp. Hạn đã gây ra sự phát triển thiếu đồng bộ của hoa, làm mất sức sống của hạt phấn, khả năng nhận hạt phấn của hoa cái kém ... Hạn làm tăng số hạt lép trên bắp. Sự phát triển của bắp và hạt phụ thuộc rất lớn vào dòng vật chất của sự đồng hoá, nếu gặp hạn quá trình quang hợp bị ức chế, sức chứa của bắp giảm, thì dòng vật chất này bị hạn chế rất nhiều (Westgate and Boyer, 1986) [50]. Tuy nhiên những nghiên cứu gần đây cho thấy, hơn 75% sự biến động về năng suất hạt trong điều kiện hạn hán là do biến động về số bắp/cây và số hạt trên bắp. Các phân tích tương quan đã chỉ ra rằng số bắp trên cây và số hạt trên bắp là yếu tố quyết định năng suất hạt trong điều kiện hạn hơn là khối lượng hạt. Số bắp trên cây quyết định 24% sự biến động về năng suất trong điều kiện tưới nước đầy đủ và 59% trong điều kiện hạn (Bolanos and Eđmeades, 1996) [23].
Tóm lại, hạn có thể ảnh hưởng đến mật độ cây nếu xẩy ra ở giai đoạn cây con, giảm diện tích lá và tốc độ quang hợp ở thời kỳ trước trỗ, giảm độ lớn của bắp và khả năng kết hạt nếu xẩy ra trước và sau trỗ 2 tuần và giảm quang hợp tăng tốc độ già hoá bộ lá trong khi tích luỹ chất khô về hạt (Banzinger M., 2000) [20].