Cơng tác hạch tốn kế tốn trong các trường ĐHCL trước đây được thực hiện theo chế độ kế tốn hành chính sự nghiệp ban hành kèm theo quyết định 999/TC/QĐ/CĐKT ngày 2 tháng 11 năm 1996 của Bộ tài chính. Bắt đầu từ năm 2006 cơng tác hạch tốn kế tốn được thực hiện theo Quyết định số 19/2006/QĐ-BTC về việc ban hành Chế độ kế tốn hành chính sự nghiệp thay thế Quyết định 999/TC/QĐ/CĐKT.
Hiện nay việc thực hiện cơng tác kiểm tốn nội bộ tại các trường ĐHCL trên địa bàn TP. HCM đã từng bước đi vào nề nếp, ổn định và bước đầu đã tác động tích cực đến hiệu quả hoạt động của các trường. Lãnh đạo các trường đã nhận thức được tầm quan trọng của cơng tác kiểm tốn nội bộ nên đã tổ chức triển khai hoạt động kiểm tốn nội bộ tại đơn vị. Tại các trường đã thành lập bộ phận kiểm tốn nội bộ thực hiện kiểm tốn định kỳ hàng năm. Việc kiểm tốn nội bộ nhằm đảm bảo các hoạt động thu chi của trường thực hiện theo đúng chế độ tài chính của nhà nước, hạn chế rủi ro thất thốt tài sản và nhằm làm lành mạnh hố hoạt động tài chính của nhà trường. Tuy nhiên, bên cạnh những kết quả đã đạt được trong thời gian qua hoạt động kiểm tốn nội bộ cũng tồn tại một số hạn chế như một số trường cịn xem nhẹ cơng tác kiểm tốn nội bộ, cĩ trường hầu như khơng tổ chức cơng tác kiểm tốn nội bộ, hầu hết cán bộ làm cơng tác kiểm tốn nội bộ đều là giảng viên hay cán bộ quản lý làm cơng tác kiêm nhiệm nên khơng cĩ chuyên mơn, nghiệp vụ dẫn đến cơng tác kiểm tốn chỉ mang nặng về hình thức.