Quá trình nhiễm trùng đưa đến tổn thương tổ chức hoặc cơ quan của cơ thể vật chủ, làm rối lọan cơ chế điều hòa thần kinh, miễn dịch và làm xuất hiện những triệu chứng rõ của chứng bệnh. Đó là những bệnh nhiễm trùng thể lâm sàng. Độ trầm trọng của các triệu chứng bệnh phụ thuộc vào cơ quan bị ảnh hưởng và mức độ tổn thương của cơ quan do sự nhiễm trùng
Ở người khoẻ mạnh bình thường, đa số trường hợp nhiễm trùng chỉ gây nên tổn thương tổ chức không đáng kể và về mặt lâm sàng không có những biểu hiện rõ ràng cua chứng bệnh đó là nhiễm trùng thể ẩn. Nhiễm trùng không triệu chứng làm cho cơ thể vật chủ có được tính miễn dịch với tác nhân nhiễm trùng, giúp cho cơ thể loại bỏ hiệu quả sự nhiễm trùng do vi sinh vật đó vào lần sau.
Về phương tiện dịch tễ học, các nhiễm trùng thể ẩn rất nguy hiểm vì đó là nguồn lây lan mầm bệnh mà không biết trong các vụ dịch như dịch tả, dich bại liệt, viên gan tỷ lệ bệnh nhiễm trùng thể ẩn rất cao so với thể lâm sàng.
Diển biến của một bệnh nhiễm trùng thường qua bốn giai đọan: Ủ bệnh, khởi phát, tòan phát và hồi phục. Phần lớn bệnh nhiễm trùng sau khi hồi phục cơ thể được miễn dịch trong một thời gian dài tùy theo từng bệnh.
Bệnh nhiễm trùng có thể biểu hiện tại chổ hoặc toàn thân, cấp tính hay mãn tính. Lúc vi sinh vật gây bệnh trực tiếp truyền từ người này sang người khác, gây nên những quá trình nhiễm trùng mới thì chúng làm phát sinh bệnh truyền nhiễm. Bệnh truyền nhiễm có thể tản phát hay phát triển thành dịch địa phương hoặc thành đại dịch.