Trước tiên, do địa hình khu vực Thành phố Hồ Chí Minh không đồng nhất, có những chỗ cao và chỗ trũng cục bộ, gây nhiều khó khăn cho việc qui hoạch xây dựng hệ thống thoát nước, ảnh hưởng lớn đến việc phân vùng tiêu thoát nước.
Vấn đề qui hoạch còn bị ảnh hưởng bởi nạn lấn chiếm kênh rạch bởi khi tiến hành giải tỏa sẽ tiêu tốn rất nhiều kinh phí cho việc cải tạo lòng kênh, kinh phí cho việc đền bù và giải tỏa, tái định cư cho những người dân sống trong khu vực trên.
Hiện nay, bản đồ nền cung cấp cho các cơ quan hữu quan chưa thực sự chính xác, cộng với qui hoạch về cao độ thoát nước, cao độ san nền vẫn chưa được thiết lập gây khó khăn cho công tác xây dựng hệ thống thoát nước liên kết giữa các địa phương do các địa phương tự ý xây dựng hệ thống thoát nước với cao độ khác nhau, ảnh hưởng đến việc đấu nối cống, gây ngập nghiêm trọng và khó kiểm soát.
Ngoài ra còn có một vấn đề bất cập khác là sự phối hợp hành động giữa các ban ngành chưa được phù hợp. Chẳng hạn giữa ngành cầu đường và ngành thoát nước, có những con đường đã hoàn thành nhưng khu vực đó lại chưa có đường ống thoát nước. Để đảm bảo cho việc thoát nước cho khu vực, ngành thoát nước buộc phải đào đường, vừa tốn kinh phí, vừa giảm chất lượng đường xá và mất mỹ quan đô thị, ảnh hưởng tới việc lưu thông của người dân. Hoặc giữa ngành Thoát nước với ngành cấp nước, Bưu điện… cụ thể là:
- Khu vực đường Tân Hòa Đông, công trình thi công lắp đặt hệ thống cấp nước làm ảnh hưởng đến hệ thống cống thoát nước có sẵn, gây bể cống, cống bị lấp cát…
- Khu vực rạch Bà Lài được Văn phòng Kiến trúc sư trưởng (nay là sở Qui hoạch-Kiến trúc) phê duyệt dự án đầu tư xây dựng công viên giải trí Bình Phú vào ngày 23-5-2001 với chủ đầu tư là Công ty Xây dựng và Phát triển Kinh tế Quận 6.
- Trên sông Vàm Thuật, nhiều đơn vị kinh doanh nhà đã san lấp hàng ngàn mét vuông nhưng cũng chỉ báo cáo sơ bộ với cấp trên và đã để tình trạng này kéo dài.
- Những điều trên đã đi ngược với nội dung của Qui hoạch Tổng thể Hệ thống thoát nước Thành phố Hồ Chí Minh đến năm 2020 với nguyên tắc là sử dụng triệt để hệ thống thoát nước hiện có, nâng cấp và phát triển hệ thống thoát nước phù hợp với sự phát triển của thành phố, thể hiện tầm định hướng của chúng ta còn hạn hẹp, chưa tính toán được cho một tương lai xa hơn.