Hoàn thiện công tác thẩm định tài chính dự án bao gồm việc hoàn thiện phương pháp, quy trình và nâng cao chất lượng thực hiện các nội dung của công tác thẩm định.
Về phương pháp, công ty hiện nay chủ yếu sử dụng những phương pháp phân tích tài chính theo trạng thái "tĩnh" của tiền, hệ thống chỉ tiêu áp dụng chủ yếu là những số liệu tính gộp. Công ty cần phải sử dụng những phương pháp phân tích tài chính dựa vào giá trị thời gian của tiền - là những phương pháp phổ biến trong nền kinh tế hiện đại - kết hợp với những phương pháp hiện đại đang được thực hiện tại công ty để thẩm định một cách chính xác dự án đề xuất.
Sử dụng kết hợp được các phương pháp này, hệ thống chỉ tiêu thẩm định tại công ty phải bao gồm cả những số liệu tương đối - là kết quả của việc dự đoán khả năng thanh toán, phân tích cơ cấu vốn, tỷ suất nội hoàn - và những số liệu tuyệt đối - kết quả của các phương pháp điểm hoà vốn, giá trị hiện tại ròng. Những kết luận rút ra từ hệ thống chỉ tiêu đó sẽ tránh được những khiếm khuyết của từng phương pháp phân tích riêng biệt.
Riêng đối với phương pháp phân tích dựa vào giá trị thời gian của tiền, cần chú ý đến sự thay đổi của chi phí cũng như lợi ích trong suốt thời kỳ thực hiện dự án.
Yếu tố cần quan tâm nhất ở đây là việc xác định chính xác dòng tiền cũng như tỷ suất chiết khấu hợp lý. Dòng tiền thường được xem xét như sự chênh lệch của tổng doanh thu và tổng chi phí của dự án. Trong trường hợp xác định được chính xác chi phí và lợi ích, dòng tiền đó có thể chấp nhận. Tuy nhiên, đứng trên góc độ nhà tài trợ, công ty nên xác định dòng tiền gồm cả dòng tiền của chủ đầu tư và dòng nợ của người thuê - là dòng thanh toán lãi thuê và nợ gốc.
Về việc xác định tỷ suất chiết khấu, đây không phải là việc dễ dàng và thực tế là cũng chưa có một quy định nào giúp xác định một tỷ lệ chiết khấu chính xác. Tuỳ vào chi phí vốn đối với từng chủ thể tiến hành phân tích mà tỷ lệ chiết khấu được tính khác nhau với mỗi dự án cụ thể. Đã có những ý kiến đề xuất đối với ngân hàng nông nghiệp về việc chọn lãi suất trung dài hạn của kho bạc nhà nước làm lãi suất chuẩn để tính toán. Tuy nhiên, chi phí vốn đối với công ty không hề giống nhau ở mọi thời điểm cũng như trong mọi dự án. Vì vậy, thiết nghĩ, tuỳ vào dự án cụ thể và khả năng huy động vốn trong mỗi thời điểm của công ty để có những lựa chọn thích hợp về tỷ suất chiết khấu. Việc lựa chọn này hoàn toàn không được dựa vào sự quyết định chủ quan của nhân viên tín dụng cũng như không nên cố định theo các văn bản của cơ quan cấp trên. Công ty có thể áp dụng mô hình định giá tài sản vốn để có những tính toán tương đối chính xác hoặc dựa vào chi phí trung bình của vốn để rút ra tỷ suất chiết khấu thích hợp.
Sau khi đã có những tính toán chính xác về dòng tiền và tỷ suất chiết khấu, công ty nên tính đến độ nhạy của dứan. Đây là điều cần thiết vì các giá trị hiện tại và tỷ suất nội hoàn được tính toán dù là đã tính đến giá trị thời gian của tiền nhưng vẫn sử dụng những yếu tố có tính thời điểm. Các yếu tố này mỗi khi thay đổi trong khi dự án được tiến hành có thể sẽ dẫn đến những thay đổi bất lợi của các chỉ tiêu đánh giá hiệu quả đầu tư. Cũng tuỳ vào những nhân tố mà mức thay đổi so với tính toán sẽ khác nhau như giá cả, tỷ giá… Việc áp dụng riêng từng khoảng biến động sẽ có được những kết luận chính xác về ảnh hưởng của từng nhân tố đến chỉ tiêu hiệu quả dự án. Từ đó, công ty và bên thuê sẽ cùng đưa ra những biện pháp hạn chế rủi ro.