KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
4.2.3.4. Phân tích kết quả AFLP trên một số mẫu DNA lá điều
Kết quả cho thấy có 4 tổ hợp primer cho số band nhiều nhất, được trình bày trong bảng 4.4.
Bảng 4.4. Kết quả thực hiện AFLP trên một số mẫu DNA lá điều.
Tổ hợp primer nhân bản chọn lọc Tổng số band tạo ra Band đồng hình Band đa hình
MseI + CAA – EcoRI + ACT (Blue)
và
MseI + CAA – EcoRI + AGG (Green)
36 1 (2,8 %) 35 (97,2 %)
MseI + CAA – EcoRI + ACA (Blue)
và
MseI + CAA – EcoRI + ACG (Green)
14 1 (7,3 %) 13 (92,7 %)
Từ kết quả AFLP chúng tôi nhận thấy một số điều sau:
Tổng số band tạo ra của kỹ thuật AFLP nhiều hơn hẳn so với kỹ thuật RAPD, do đó làm tăng khả
Các đoạn tạo ra có chiều dài ngắn, dưới 500 basepairs.
Có thể phân biệt được những đoạn chỉ hơn kém nhau đến 1 nucleotide, điều này làm tăng độ tin cậy năng chính xác khi phân tích kết quả để đánh giá đa dạng di truyền.của kết quả.
Mức độ phát hiện các band đa hình cao hơn nhiều so với kỹ thuật RAPD. Theo kết quả điện di giải trình tự (danh sách các band của các tổ hợp primer nhân bản chọn lọc được trình bày trong phụ luc), chúng tôi nhận thấy một số band đặc biệt:
Với 4 mẫu TT4, TT9, VT38 và CD45 thực hiện với tổ hợp primer nhân bản chọn lọc thứ nhất gồm: MseI + CAA – EcoRI + ACT (Blue) và MseI + CAA – EcoRI + AGG (Green), kết quả thu được 36 band, trong đó chúng tôi nhận thấy các band 127 base pairs, 224 base pairs, 255 base pairs, 307 base pairs và 309 base pairs chỉ có ở mẫu CD45, có thể là chỉ thị phân tử cho tính trạng quả nhỏ ở mẫu CD45. Band 223 base pairs chỉ có ở mẫu VT8, có thể là chỉ thị phân tử của tính trạng ít hạt chỉ có ở mẫu VT8. Band 456 base pairs chỉ có ở mẫu TT4, có thể là chỉ thị phân tử của tính trạng quả rất nhỏ, còn xanh mà đã già chỉ có ở mẫu TT4.
Với 4 mẫu TT1, TT31, CD40 và XM78 thực hiện với tổ hợp primer nhân bản chọn lọc thứ hai gồm: MseI + CAA – EcoRI + ACA (Blue) và MseI + CAA – EcoRI + ACG (Green), kết quả thu được 14 band, trong đó chúng tôi nhận thấy band
181 base pairs và band 254 base pairs chỉ có ở mẫu TT31 có thể là chỉ thị phân tử của tính trạng quả vàng của mẫu TT31. Các band này nếu được tiếp tục nghiên cứu (giải trình tự,…) có thể cho một số thông tin quan trọng liên quan đến tính trạng hạt to và một số tính trạng khác.
Chúng tôi đã tiến hành phân tích đa dạng di truyền của từng tổ hợp primer khác nhau. Sử dụng phần mềm NTSYS chúng tôi xây dựng được 2 cây di truyền như hình 4.23 và 4.25:
Hình 4.23 là cây di truyền của 4 mẫu TT4, TT9, VT38 và CD45 thực hiện với tổ hợp primer nhân bản chọn lọc thứ nhất gồm 2 tổ hợp: MseI + CAA – EcoRI + ACT (Blue) và MseI + CAA – EcoRI + AGG (Green).
Hình 4.23. Cây di truyền kết quả AFLP tổ hợp primer nhân bản chọn lọc thứ nhất. Qua hình 4.23 chúng tôi nhận thấy mức độ tương đồng di truyền của các mẫu đã hạ thấp xuống chỉ còn từ 37 % – 61 %, đồng thời các mẫu đều thuộc các nhánh riêng biệt, điều này cho ta thấy mức độ đa dạng di truyền của 4 mẫu TT4, TT9, VT38 và CD45 là khá cao. Chúng tôi tiến hành so sánh với mức độ đa dạng di truyền của 4 mẫu này khi thực hiện bằng kỹ thuật RAPD (hình 4.24).
Hình 4.24. Cây di truyền của 4 mẫu TT4, TT9, VT38, CD45 thực hiện RAPD. Chúng tôi nhận thấy mức độ tương đồng di truyền của 4 mẫu TT4, TT9, VT38, CD45 thực hiện RAPD khá cao, từ 70 % – 90 %, cao hơn hẳn so với khi sử dụng kỹ thuật AFLP. Như TT9 và VT38 giống nhau tới 90 % theo RAPD, nhưng chỉ 61 % theo AFLP. Như vậy, mức độ đa dạng di truyền của 4 mẫu TT4, TT9, VT38, CD45 thực hiện theo kỹ thuật AFLP cao hơn so với kỹ thuật RAPD.
0,70 0,75 0,80 0,85 0,90 Coefficient TT4 CD45 TT9 VT38 0,37 0,43 0,49 0,55 0,61 Coefficient TT4 CD45 TT9 VT38
Hình 4.25 là cây di truyền của 4 mẫu TT1, TT31, CD40 và XM78 thực hiện với tổ hợp primer nhân bản chọn lọc thứ hai gồm 2 tổ hợp: MseI + CAA – EcoRI + ACA (Blue) và MseI + CAA – EcoRI + ACG (Green).
Hình 4. 25. Cây di truyền kết quả AFLP tổ hợp thứ hai.
Tương tự như tổ hợp primer nhân bản chọn lọc thứ nhất, mức độ tương đồng di truyền của 4 mẫu TT1, TT31, CD40 và XM78 từ 45 % - 65 %, đồng thời thuộc 4 nhánh khác nhau, cho thấy mức độ đa dạng di truyền của 4 mẫu này khá cao. Chúng tôi cũng thực hiện so sánh với mức độ đa dạng di truyền của 4 mẫu này khi thực hiện bằng kỹ thuật RAPD (hình 4.26).
Hình 4.26. Cây di truyền của 4 mẫu TT1, TT31, CD40, XM78 thực hiện RAPD. Chúng tôi cũng nhận thấy mức độ đa dạng di truyền của 4 mẫu TT1, TT31, CD40, XM78 thực hiện theo kỹ thuật AFLP cao hơn so với thực hiện theo kỹ thuật RAPD do nhận thấy mức độ tương đồng di truyền của RAPD cao hơn so với AFLP.
0,45 0,50 0,55 0,60 0,65 Coefficient TT1 CD40 XM78 TT31 0,60 0,65 0,70 0,75 0,80 Coefficient TT1 XM78 TT31 CD40